在处理公司辞退患有重大疾病员工这一复杂且敏感的问题时，赔偿金的计算确实需要依据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律规定，并结合具体情况来细致分析。以下是对此问题的详细解答，旨在为您提供清晰、全面且具有深度的指导。
一、合法解除劳动合同的情况及赔偿
法律依据与条件：
- 根据《劳动合同法》第四十条，当员工因患病或非因工负伤，在规定的医疗期满后，既不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作时，用人单位有权解除劳动合同。但这一解除必须遵循法定程序，即提前三十日以书面形式通知员工本人，或额外支付一个月工资作为代通知金。
经济补偿计算：
- 经济补偿按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资是指员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若员工月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍，则经济补偿标准按三倍数额支付，且最高不超过十二年。
医疗补助费：
- 若员工因患病或非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作也不能从事另行安排的工作而解除劳动合同，用人单位应支付不低于六个月工资的医疗补助费。
- 对于患重病的员工，医疗补助费应增加不低于其百分之五十；对于患绝症的员工，增加部分应不低于其百分之百。
二、违法解除劳动合同的情况及赔偿
违法解除的情形：
- 若用人单位在员工医疗期内直接辞退，或虽医疗期满但未给员工另行安排工作就直接辞退，均构成违法解除劳动合同。
赔偿金计算：
- 在违法解除的情况下，用人单位应依照《劳动合同法》第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。
- 赔偿金的计算方式与经济补偿相同，但数额为经济补偿的两倍。
三、无需支付补偿的特殊情形
尽管在大多数情况下，辞退员工需要支付经济补偿或赔偿金，但也存在一些特殊情形，用人单位可以合法解除合同且无需支付补偿，如：
- 员工在试用期内不符合录用条件（需有明确证据支持）。
- 员工严重违反公司规章制度（如旷工、盗窃等）。
- 员工严重失职或营私舞弊，给公司造成重大损失。
- 员工被依法追究刑事责任（如刑事判决生效）。
四、实际操作中的注意事项
程序合法性：
- 用人单位在辞退员工时，必须确保程序合法，包括提前通知、书面通知、通知工会等步骤。
个税处理：
- 经济补偿金在当地职工平均工资三倍以内的部分免税，超出部分需按个人所得税规定缴纳。
证据留存：
- 员工应妥善保留劳动合同、工资流水、医疗证明、辞退通知等证据，以维护自身合法权益。
五、案例分析
以一名在公司工作了5年、月平均工资为8000元且未高于当地职工月平均工资三倍的员工为例：
- 若公司违法解除劳动合同，赔偿金为8000元/月 × 5年 × 2 = 80000元。
- 若为合法解除，经济补偿为8000元/月 × 5年 = 40000元。
- 若该员工经鉴定不能从事原工作也不能从事另行安排的工作而解除合同，医疗补助费至少为8000元/月 × 6个月 = 48000元；若患重病，则至少为72000元（48000元 + 24000元）；若为绝症，则至少为96000元（48000元 × 2）。
综上所述，公司辞退患有重大疾病员工的赔偿金计算需综合考虑多种因素，包括解除合同的合法性、员工的工作年限、月工资水平以及是否患病等。在实际操作中，建议双方均咨询专业法律人士，以确保合法权益得到妥善处理。