结论：房子被拆协议签几年后补偿决定被撤销，能否主张按周边商品房赔偿，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、协议签订与补偿决定撤销的法律背景
协议签订的法律效力：
- 拆迁补偿协议是拆迁方与被拆迁方就拆迁补偿事宜达成的合意，具有法律约束力。
- 协议签订后，双方应按照协议约定履行各自义务。
补偿决定撤销的法律后果：
- 如果补偿决定被撤销，通常意味着该决定在法律上被视为无效或不存在。
- 撤销的原因可能包括程序违法、实体违法（如补偿标准过低）等。
二、能否主张按周边商品房赔偿的分析
协议内容与周边商品房价格的关系：
- 如果拆迁补偿协议中明确约定了补偿标准，且该标准与周边商品房价格无直接关联，那么撤销补偿决定后，被拆迁方可能难以直接主张按周边商品房价格赔偿。
- 如果协议中未明确约定补偿标准，或者约定标准明显低于周边商品房价格，且撤销补偿决定的原因与补偿标准过低有关，那么被拆迁方有可能主张按周边商品房价格进行赔偿。
法律原则与司法实践：
- 根据公平、合理原则，拆迁补偿应确保被拆迁方的生活水平不降低，且能够购买到与原房屋相当的住房。
- 在司法实践中，法院会综合考虑多种因素，如房屋的市场价值、拆迁目的、当地经济发展水平等，来确定合理的补偿标准。
- 如果被拆迁方能够提供充分证据证明周边商品房价格，且该价格与拆迁补偿协议中的标准存在显著差异，法院可能会支持被拆迁方的主张。
具体操作建议：
- 收集证据：被拆迁方应收集周边商品房的价格信息、拆迁补偿协议、补偿决定撤销的相关法律文书等证据。
- 咨询专业律师：由于拆迁补偿问题涉及复杂的法律关系和司法实践，建议被拆迁方咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。
- 协商或诉讼：在收集证据和咨询律师的基础上，被拆迁方可以与拆迁方进行协商，争取达成合理的补偿协议；如果协商不成，可以考虑通过诉讼途径解决争议。
三、可能面临的法律风险与后果
诉讼风险：
- 如果被拆迁方选择通过诉讼途径解决争议，需要承担诉讼费用、时间成本等风险。
- 诉讼结果具有不确定性，可能支持被拆迁方的主张，也可能驳回其诉讼请求。
执行风险：
- 即使法院支持被拆迁方的主张，如果拆迁方拒不履行判决或裁定，被拆迁方还需要申请强制执行，这同样需要承担一定的风险和成本。
进一步思考：在处理拆迁补偿问题时，被拆迁方应充分了解相关法律法规和政策规定，积极维护自己的合法权益。同时，也应保持理性态度，通过合法途径解决争议，避免采取过激行为导致不必要的法律后果。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。