在上游发票相关责任人已判刑的情况下，下游企业的处理需根据具体情况来定，主要涉及税务稽查、法律责任认定及可能的补救措施等多个方面。以下从不同角度为您详细分析：
一、税务稽查与法律责任
税务稽查程序：
- 税务机关在发现上游发票存在问题后，通常会对涉及该发票的下游企业进行税务稽查。稽查的重点在于确认下游企业是否善意取得发票，以及是否已履行了相应的税务义务。
- 稽查过程中，税务机关会要求下游企业提供与发票相关的交易合同、付款凭证、物流单据等证据材料，以证明交易的真实性和合法性。
法律责任认定：
- 如果下游企业被认定为善意取得发票，且已履行了相应的税务义务（如申报纳税、抵扣税款等），则通常不会承担法律责任。但需注意，善意取得需满足一定条件，如不知上游发票存在问题、交易真实且价格合理等。
- 如果下游企业被认定为恶意取得发票，或未履行相应的税务义务，则可能面临税务处罚，包括补缴税款、滞纳金、罚款等。在严重情况下，还可能涉及刑事责任。
二、可能的补救措施
主动配合税务稽查：
- 下游企业应积极配合税务机关的稽查工作，提供必要的证据材料，以证明交易的真实性和合法性。
- 通过主动配合，可以展示企业的诚信态度，有助于减轻或避免税务处罚。
申请税务行政复议或诉讼：
- 如果下游企业对税务机关的处罚决定不服，可以依法申请税务行政复议或提起税务行政诉讼。
- 在复议或诉讼过程中，企业可以提供更多证据来支持自己的主张，争取减轻或免除处罚。
加强内部管理：
- 下游企业应加强内部管理，完善发票管理制度，确保发票的取得、使用、保管等环节符合法律法规要求。
- 通过加强内部管理，可以降低未来再次发生类似问题的风险。
三、实际案例与启示
- 在实际案例中，有些下游企业因未严格审核上游发票的真实性而遭受了税务处罚。这些案例提醒我们，企业在取得发票时务必谨慎，确保发票的真实性和合法性。
- 同时，也有下游企业通过积极配合税务稽查、提供充分证据材料等方式成功减轻了税务处罚。这些案例展示了主动配合和积极应对的重要性。
总结与建议：在上游发票相关责任人已判刑的情况下，下游企业应首先确认自己是否善意取得发票，并积极配合税务机关的稽查工作。如果面临税务处罚，可以依法申请行政复议或提起诉讼来维护自己的合法权益。同时，企业应加强内部管理，完善发票管理制度，以降低未来再次发生类似问题的风险。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。