结论前置：工厂因自身原因放假而扣工资是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，非因劳动者原因导致的工厂放假，工厂不得随意扣减工资。以下从不同角度详细分析：
一、法定节假日放假
根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条规定，劳动者在法定休假日（如元旦、春节、清明节、劳动节、端午节、中秋节和国庆节等）期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，在这些节假日期间，即使工厂放假，员工也能按照正常出勤获得工资报酬。若工厂以放假为由扣减法定节假日工资，属于违法行为。
二、休息日放假
依据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应保证劳动者每周至少休息一日，通常指周六和周日。工厂在休息日安排放假的，一般不需要额外支付工资，因为工资已按正常工作日核算。但若工厂以休息日放假为由扣减工资，且未安排补休或支付加班费（如休息日加班后未补休），则属于违法行为。不过，此处的“扣减”需明确是针对休息日本身的工资（实际上休息日通常不单独计算工资，而是包含在月薪中），还是针对因休息日放假导致的其他工资扣减（如全勤奖等），后者需根据工厂规章制度和劳动合同具体判断。
三、停工停产期间放假
根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理，不同地区可能有不同规定，如有些地方规定应按照不低于当地最低工资标准的一定比例支付生活费。因此，在停工停产期间，工厂不得随意扣减工资，除非超过一个工资支付周期且劳动者未提供正常劳动，此时可按国家或地方规定支付生活费。
四、工厂自身原因（非停工停产）放假
若工厂因设备检修、订单不足等自身原因（非停工停产）导致放假，且放假时间较短（如几天内），工厂一般应按劳动合同规定的标准支付工资，不得随意扣减。若工厂规章制度或劳动合同中有明确约定（如“因工厂原因短期放假，工资按一定比例支付”），且该约定不违反法律法规强制性规定，则可能按约定执行。但此类约定需经民主程序制定并向员工公示告知，否则可能无效。
五、员工权益维护途径
若工厂以放假为由扣减工资，且该行为违反上述法律法规或劳动合同约定，员工可采取以下措施维护自身权益：
总结：工厂因自身原因放假而扣工资是否合法，需根据放假原因、工厂规章制度及劳动合同约定综合判断。但一般情况下，非因劳动者原因导致的工厂放假，工厂不得随意扣减工资。员工在遇到此类情况时，应了解自己的权利并采取适当措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。