公司仍然可以追究员工的责任。针对员工私收营业额后打回公司的行为，我们可以从以下几个角度进行详细分析：

1. 民事责任角度：

   • 员工私收营业额，即便后续将款项打回公司，这一行为本身已经构成了对公司财产权的侵犯。公司有权要求员工承担因私收营业额而可能给公司造成的损失，包括但不限于利息损失、管理成本增加等。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体因同一行为应当承担民事责任的，不影响其承担其他责任。因此，员工私收营业额的行为，即使款项已打回，公司仍有权要求其承担相应的民事责任。

2. 刑事责任角度（如果行为构成犯罪）：

   • 如果员工私收营业额的行为涉嫌职务侵占、挪用资金等犯罪，那么即使款项已经打回公司，员工仍然可能面临刑事责任的追究。因为刑事责任的追究是基于行为的违法性，而不是基于行为的结果（即款项是否打回）。
   • 职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。挪用资金罪则是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。

3. 公司内部管理角度：

   • 除了法律责任外，公司还可以从内部管理角度对员工进行处理。例如，公司可以依据内部规章制度对员工进行纪律处分，包括警告、罚款、解除劳动合同等。
   • 同时，公司也应该加强内部管理，完善财务制度，防止类似事件再次发生。例如，可以加强对营业额的监管，确保每一笔款项都及时、准确地入账；可以加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德水平。

建议：

• 公司应该尽快收集相关证据，包括员工私收营业额的记录、款项打回的记录等，以便在追究员工责任时提供有力的支持。
• 如果公司认为员工的行为可能构成犯罪，应该及时向公安机关报案，由公安机关进行调查处理。
• 同时，公司也应该加强内部管理，完善相关制度，防止类似事件再次发生。

综上所述，即使员工将私收的营业额打回公司，公司仍然有权追究其民事责任，并且如果行为构成犯罪，还可能面临刑事责任的追究。因此，公司应该积极采取措施，维护自身的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。