侵占公司财产5000元以上，可能涉及刑事犯罪和民事责任，具体处理方式需结合实际情况判断。以下是详细分析：

1. 刑事责任层面
   根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，职务侵占罪的立案标准为“数额较大”，通常指6万元以上。若侵占金额为5000元以上但未达6万元，一般不构成刑事犯罪，但可能面临行政处罚或公司内部纪律处分。
   若金额达到6万元以上，则可能被追究刑事责任，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大的（通常指100万元以上），处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

2. 民事责任层面
   无论是否构成刑事犯罪，侵占公司财产的行为均违反《中华人民共和国民法典》中关于“不当得利”的规定。公司有权要求行为人：

• 返还财产：全额退还侵占的款项或等值财物；
  
• 赔偿损失：若因侵占行为导致公司产生额外损失（如利息、维权费用等），需一并赔偿。

1. 公司内部处理建议
   公司可依据内部规章制度（如《员工手册》《财务管理制度》）对行为人进行处分，包括但不限于：
   

• 警告、记过、降职、辞退等纪律处分；
  
• 扣发奖金、绩效工资等经济处罚；
  
• 通过民事诉讼追偿：若行为人拒不返还，公司可向法院起诉，要求其承担民事责任。

1. 实务建议
   

• 固定证据：公司应保留转账记录、财务凭证、侵占行为的相关证据（如监控录像、证人证言）；
  
• 及时报案：若金额达到刑事立案标准，可向公安机关经侦部门报案；
  
• 协商解决：在证据充分的情况下，可先与行为人协商返还，降低维权成本。

温馨提示：若您或公司遇到类似情况，可进一步向我描述具体细节（如侵占方式、金额、行为人身份等），我将为您提供更精准的法律分析。