工程事故扣保证金是否合理，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同约定角度
有明确约定：如果建设工程合同中明确约定了，在发生工程事故时，发包方有权扣除承包方的保证金作为赔偿或惩罚措施，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在这种情况下，扣除保证金是合理的。因为合同是双方自愿达成的协议，对双方具有法律约束力。
无明确约定或约定违法：如果合同中没有明确约定工程事故时扣除保证金的情况，或者约定的扣除方式、比例等违反了法律法规的强制性规定（如超过了法定限额），那么在这种情况下，扣除保证金可能是不合理的。承包方有权要求发包方按照合同约定或法律规定处理工程事故，并返还被扣除的保证金。
二、事故责任角度
承包方责任：如果工程事故是由于承包方的过错或违约行为导致的，那么发包方有权根据合同约定或法律规定要求承包方承担相应的赔偿责任。在这种情况下，如果合同中有扣除保证金的约定，并且该约定合法有效，那么扣除保证金是合理的。
非承包方责任：如果工程事故是由于不可抗力、第三方原因或发包方自身的过错导致的，那么承包方不应承担赔偿责任。在这种情况下，发包方无权扣除承包方的保证金。如果发包方擅自扣除了保证金，承包方有权要求发包方返还，并可能要求发包方承担违约责任。
三、法律法规角度
在处理工程事故和保证金问题时，必须遵守相关的法律法规。例如，《中华人民共和国民法典》中关于合同、侵权责任等方面的规定，以及建设工程领域的相关法规、规章等。如果扣除保证金的行为违反了法律法规的强制性规定，那么该行为是无效的，承包方有权要求发包方返还保证金，并可能要求发包方承担法律责任。
法律建议
审查合同：首先，建议承包方仔细审查建设工程合同，了解合同中关于工程事故和保证金的约定。如果合同中有不明确或违法的地方，应及时与发包方协商修改或补充。
收集证据：在发生工程事故后，承包方应积极收集相关证据，证明事故的原因、责任归属以及损失情况等。这些证据将有助于承包方在后续的处理过程中维护自己的合法权益。
协商解决：在发生争议时，建议双方首先通过协商的方式解决。通过友好协商，可以达成双方都能接受的解决方案，避免不必要的法律纠纷。
寻求法律帮助：如果协商无果或发包方擅自扣除了保证金，承包方应及时寻求法律帮助。可以向有经验的律师咨询，了解自己的权利和义务，以及可能的法律途径和解决方案。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于建设工程领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。