针对您提出的“签署股权转让协议后不进行工商变更怎么办”的问题，这是一个涉及股权转让后权益保障的重要环节。以下是我为您提供的详细且有条理的解决方案：
一、明确法律后果与权益
首先，需要明确的是，公司拒不办理工商变更登记是违法的行为，这不仅违反了《中华人民共和国市场主体登记管理条例》中关于变更登记的规定，也可能损害股权受让人的合法权益。股权受让人有权要求公司履行变更登记义务，并可通过法律手段维护自身权益。
二、优先尝试协商解决
- 友好沟通：建议您首先与公司及其他相关方进行友好协商，明确指出不办理工商变更登记的法律后果，包括可能面临的罚款甚至吊销营业执照等，并要求其尽快履行义务。
- 保留证据：在协商过程中，务必通过书面函件、邮件等方式进行沟通，并妥善保留所有相关证据，以备后续可能需要的法律程序使用。
三、查阅并利用公司章程与股东协议
- 明确权利义务：仔细审查公司章程和股东协议，特别是关于股权转让及工商变更登记方面的条款，确定各方在此过程中的义务和责任。
- 内部救济：如果公司章程中规定了内部争议解决机制，如股东会、董事会等程序，您可以尝试按照章程规定提议召开相关会议，讨论并解决工商变更登记问题。
四、向工商部门举报与投诉
- 反映情况：向公司登记机关（通常是市场监督管理局）反映公司拒不办理工商变更登记的情况，并提交股权转让的相关材料作为证据。
- 借助行政力量：请求登记机关督促公司履行变更登记义务，并对公司的违法行为进行调查和处理。这通常能形成一定的行政压力，促使公司尽快办理变更登记。
五、考虑法律诉讼途径
- 确认股东资格之诉：如果协商和行政手段均无效，您可以向人民法院提起确认股东资格的诉讼，提供充分证据证明股权转让的合法性，以确立自己的股东身份。
- 要求履行变更登记手续之诉：在确认股东资格后，您可以进一步要求公司履行办理工商变更登记的义务。如果公司仍拒不执行，您可以依据生效判决申请强制执行，确保股权变更登记得以完成。
六、了解并准备相关法律责任与流程
- 法律责任：根据相关法律法规，市场主体应在变更决议、决定或法定变更事项发生之日起30日内向登记机关申请变更登记。未依法办理变更登记的，将面临罚款甚至吊销营业执照的法律责任。
- 变更流程：熟悉股权转让工商变更的具体流程，包括领取变更登记表、变更营业执照、组织机构代码证、税务登记证以及银行信息等步骤。确保在申请变更登记时，提交真实、合法、有效的材料，并按照登记机关的要求进行格式化和归档。
七、寻求专业法律帮助
在整个过程中，如果您感到困惑或无法自行处理，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导。律师可以帮助您分析案情、准备诉讼材料、代表您进行法律诉讼等，确保您的权益得到充分保障。
综上所述，面对公司拒不办理工商变更登记的问题，您应首先尝试协商解决，并充分利用公司章程和股东协议中的约定来寻求内部救济。如协商无果，可向工商部门举报投诉，并最终通过法律途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，请务必关注法律法规的适用和程序的合规性，以确保自身行为的合法性和有效性。