当公司股东是事业单位且该事业单位注销时，可按以下不同情况来处理：

1. 若公司章程有明确规定
   • 处理方式：首先查看公司章程中对于股东注销这种情况是否有专门的约定。如果公司章程规定了在股东注销后，其股权由特定的主体（如该事业单位的上级主管单位、指定的其他机构等）承接，那么就按照章程的规定来操作。例如，章程可能规定股东注销后，其股权由上级主管单位按照一定的程序和比例进行承接，这种情况下，公司需要配合办理相关的股权变更登记手续，将原事业单位持有的股权变更至承接主体名下。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第十一条规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。所以公司章程中的规定是处理此类情况的重要依据。
2. 若公司章程无明确规定
   • 内部协商处理
     • 处理方式：公司可以组织其他股东与该注销事业单位的上级主管单位或者相关利益方进行协商。协商的内容可以包括股权的承接主体、承接方式、股权价值评估等。例如，其他股东可能与上级主管单位协商，由上级主管单位指定一个新的机构来承接股权，或者协商将股权按照一定的价格转让给其他股东。
     • 法律依据：在公司章程没有规定的情况下，股东之间可以通过协商来解决问题，这符合公司自治的原则。同时，《中华人民共和国民法典》中关于合同订立和协商的相关规定也可以适用于这种协商过程，只要协商达成的协议不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，就是有效的。
   • 通过法律程序确定
     • 处理方式：如果内部协商无法达成一致意见，可以向人民法院提起诉讼，请求法院对股权的归属和处置方式作出判决。在诉讼过程中，需要提供相关的证据，如公司的工商登记资料、股东名册、注销事业单位的相关文件等，以证明自己的主张。例如，如果有证据证明该注销事业单位在注销前有明确的意愿将股权转让给某个主体，法院可能会根据这些证据作出相应的判决。
     • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人有权向人民法院提起诉讼，通过司法程序来解决纠纷。法院会根据事实和法律，对案件进行审理并作出公正的判决。

在处理此类问题时，还需要注意及时办理相关的工商变更登记手续。根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的规定，公司股东发生变更的，应当自变更之日起30日内申请变更登记。未及时办理变更登记的，可能会面临一定的行政处罚，同时也可能会影响公司的正常经营和其他股东的权益。

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