结论：公司收款但没有在借条上盖章，不一定能直接认定为公司借款，需结合具体证据和事实情况综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 借条的法律性质与主体认定

借条是证明借贷关系存在的直接证据，其核心要素包括：借款人身份、出借人身份、借款金额、借款期限、利息约定等。根据《民法典》第六百六十七条，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。

• 若借条中明确借款人为公司（如借条抬头写公司名称、落款处有法定代表人签字或授权代表签字），且款项实际汇入公司账户，即使未加盖公章，也可能被认定为公司借款。此时，法定代表人或授权代表的签字行为可视为公司意思表示。
  
• 若借条中借款人仅为个人（如法定代表人或员工个人名义），即使款项汇入公司账户，也可能被认定为个人借款，除非能证明公司实际使用该款项且借款人行为构成表见代理（如公司事后追认、借款人持有公司授权文件等）。

2. 收款行为的法律意义

款项汇入公司账户是判断借款主体的重要依据，但非唯一依据。需结合以下因素综合认定：

• 款项用途：若款项用于公司经营（如支付货款、发放工资等），且公司实际受益，更可能被认定为公司借款。
  
• 公司意思表示：除盖章外，公司是否通过其他方式（如股东会决议、授权文件、事后追认等）表明借款意愿？若有，可强化公司借款的认定。
  
• 出借人主观认知：出借人是否在出借时认为借款人是公司（如借条表述、沟通记录等）？若出借人无过错且善意相信借款人为公司，可能适用表见代理规则。

3. 实务中的常见情形与风险

• 情形1：借条借款人写公司名称，法定代表人签字，款项汇入公司账户。
  结论：通常认定为公司借款，盖章非必需条件（但盖章可强化证据效力）。
  
• 情形2：借条借款人写个人名字，款项汇入公司账户，公司实际使用款项。
  结论：可能被认定为个人借款，但公司可能因“实际受益”承担连带责任（需结合具体证据）。
  
• 情形3：借条无借款人信息，仅口头约定为公司借款，款项汇入公司账户。
  结论：证据不足，可能无法直接认定为公司借款，需补充其他证据（如沟通记录、公司使用款项的证明等）。

4. 法律建议

• 对出借人：
  
  1. 签订借条时，明确借款人身份（公司名称+统一社会信用代码），并要求法定代表人签字或加盖公章。
     
  2. 保留款项汇入公司账户的凭证（如银行转账记录），并备注“借款”用途。
     
  3. 若借款人以个人名义借款但款项用于公司，要求公司出具书面确认函或补充协议。
     
• 对公司：
  
  1. 规范借款流程，避免法定代表人或员工以个人名义为公司借款。
     
  2. 若需以公司名义借款，及时在借条上加盖公章，或通过股东会决议、授权文件等形式明确借款意愿。
     
  3. 收到款项后，留存资金使用记录（如合同、发票等），以证明款项实际用于公司经营。

5. 可能的法律后果

• 若被认定为公司借款，公司需承担还款责任；若被认定为个人借款，公司可能因“实际受益”或“表见代理”承担连带责任，但需具体分析证据。
  
• 若证据不足导致无法认定借款主体，可能引发诉讼风险，增加维权成本。

总结：公司收款但未在借条上盖章，能否认定为公司借款需结合借条内容、款项用途、公司意思表示等综合判断。建议双方在借款时明确主体、完善手续，避免纠纷。如有具体案件或证据，可进一步向我咨询。