结论前置：仅有借条，且借条上有对方公司公章和法人签名，并不能绝对地认定存在借款关系，但可以作为证明借款关系存在的重要证据。要最终认定借款关系，还需综合考虑借条的合法性、真实性，款项的实际交付情况，以及其他相关证据和交易习惯、常理等多方面因素。

一、借条的证明效力与局限性

1. 初步证明效力：借条作为表明债权债务关系的书面凭证，具有初步的证明效力。在借条上有对方公司公章和法人签名的情况下，这通常意味着公司对借款行为的认可，是认定借款关系存在的重要证据。

2. 证明力的局限性：然而，借条并非不可质疑的证据。其可能受到欺诈、胁迫等非法手段的影响而出具，或者双方之间实际上并非真实的借款关系，而是基于其他法律关系（如赌债、感情纠纷等）而产生的书面凭证。因此，仅凭借条不足以完全认定借款关系的真实性。

二、借条的合法性和真实性审查

1. 关键要素齐全：合法的借条应包含借贷双方的姓名（或名称）、身份证号（或统一社会信用代码）、借款金额、借款用途、利息约定、还款时间等关键信息。这些信息有助于明确双方的权利和义务，是审查借条合法性和真实性的重要依据。

2. 借款人确认：借条应由借款人本人（或公司法定代表人）签字或按手印，并加盖公司公章，以确保其对借条内容的认可。这是确认借款关系存在的重要步骤。

3. 无伪造篡改：借条应无伪造、篡改或裁剪痕迹，否则可能影响其法律效力。在审查借条时，应仔细检查其纸张、墨迹、签名等是否自然、一致，以排除伪造或篡改的可能性。

三、款项的实际交付

1. 大额借款：对于大额借款，出借人需要提供银行转账记录或其他能够证明款项已实际交付的证据。仅凭借条而无其他佐证，法院可能会对借款关系的真实性产生怀疑。例如，如果借款金额较大，但出借人无法提供转账记录或其他交付凭证，法院可能会要求出借人进一步提供证据证明款项的来源和交付方式。

2. 小额借款：对于小额借款，如果出借人能合理说明借款场景、资金来源，且借条内容明确、形式规范，借款人未提供相反证据的，法院可能会结合双方经济状况、交易习惯等因素认定借款关系成立。例如，在日常生活中，朋友之间的几百元、几千元的借款，可能以现金形式交付，此时借条就成为了重要的证据。

四、其他证据的辅助证明

除借条外，银行转账记录、证人证言、聊天记录等其他证据也能辅助证明借款关系的存在。这些证据应与借条相互印证，形成完整的证据链。例如，如果出借人能提供与借款人的聊天记录，其中明确提到了借款事宜和金额，这将有助于增强借条的证明力。

五、法律规定与司法实践

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》和《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》等法律法规，认定借贷关系的核心在于证据能否形成完整的证据链，证明双方有借贷的合意以及款项的实际交付。

2. 综合判断：在司法实践中，法院会综合考虑借贷金额、款项交付、当事人的经济能力、交易方式、交易习惯、财产变动情况以及证人证言等事实和因素，全面判断借贷事实是否真实发生。因此，即使借条上有对方公司公章和法人签名，也不能仅凭此就认定借款关系存在。

六、建议与风险提示

1. 保留相关证据：为了确保自身权益得到有效保护，出借人在借款时应保留好相关证据，如借条、银行转账记录、证人证言等。这些证据将在后续可能发生的纠纷中起到关键作用。

2. 谨慎对待借款：在借款前，出借人应仔细审查借款人的信用状况和还款能力，避免盲目借款导致损失。同时，借款人也应诚实守信，按时还款，以维护良好的信用记录。

3. 寻求法律帮助：如果发生借款纠纷，双方应首先尝试通过协商解决。如果协商无果，可以寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式解决纠纷。在此过程中，专业的律师将能够提供有力的法律支持和建议。

综上所述，仅有借条且借条上有对方公司公章和法人签名，并不能绝对地认定存在借款关系。要最终认定借款关系，还需综合考虑多个方面的因素和证据。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。