公司申请的工伤认定并不意味着赔偿款会直接打给公司。工伤认定和赔偿款的支付是两个相对独立但又相互关联的环节，下面我将从这两个方面为你详细解释：
工伤认定：
- 工伤认定是劳动保障行政部门根据用人单位或工伤职工及其直系亲属的申请，对职工因事故伤害或患职业病是否属于工伤进行认定的行政行为。
- 认定工伤后，劳动保障行政部门会出具《工伤认定决定书》，这是职工享受工伤保险待遇的前提和依据。
赔偿款的支付：
- 赔偿款的支付并不是直接打给公司，而是根据工伤保险待遇的相关规定，支付给工伤职工本人或其直系亲属。
- 工伤保险待遇包括医疗费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等，这些费用通常是由工伤保险基金或用人单位（在未参加工伤保险的情况下）直接支付给工伤职工或其直系亲属。
- 在某些情况下，如果公司已经为职工垫付了医疗费等费用，那么在工伤保险待遇支付时，这部分费用可能会从应支付给职工的赔偿款中扣除，并返还给公司。但这并不意味着赔偿款是直接打给公司的。
具体流程：
- 发生工伤后，用人单位或工伤职工及其直系亲属应及时向劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
- 劳动保障行政部门受理申请后，会进行调查核实，并在规定时间内作出工伤认定决定。
- 认定工伤后，工伤职工或其直系亲属可以根据工伤保险待遇的相关规定，向工伤保险基金或用人单位申请支付相应的赔偿款。
- 工伤保险基金或用人单位在审核无误后，会将赔偿款支付给工伤职工或其直系亲属。
特殊情况：
- 如果公司未参加工伤保险，那么所有的工伤保险待遇费用都需要由公司自行承担，并直接支付给工伤职工或其直系亲属。
- 如果工伤职工与公司就赔偿款支付问题存在争议，可以通过劳动争议仲裁或诉讼等法律途径解决。
综上所述，公司申请的工伤认定并不意味着赔偿款会直接打给公司。赔偿款的支付是根据工伤保险待遇的相关规定，支付给工伤职工本人或其直系亲属的。如果你对工伤认定和赔偿款支付的具体流程或规定还有疑问，可以直接向我咨询。