在民事案件中，当管辖异议与法院整体回避的请求发生冲突时，需分情况处理，核心原则是优先适用管辖规则，同时保障当事人回避申请权，具体如下：

1. 管辖异议优先于法院整体回避的初步审查
   根据《民事诉讼法》第38条，当事人对管辖权有异议的，应在提交答辩状期间提出。法院需先审查管辖问题，若异议成立，案件将移送至有管辖权的法院。此时，法院整体回避的请求需暂缓处理，因为管辖权是诉讼程序启动的前提，若管辖错误，后续回避申请可能因法院无权审理而失去意义。
   例如：若原告在A地起诉，被告提出管辖异议（如约定仲裁或专属管辖），同时申请A地法院整体回避，法院应先裁定管辖异议，若支持则移送案件，回避申请自然终止；若驳回管辖异议，再审查回避申请。

2. 法院整体回避的特殊情形与程序衔接
   若当事人申请法院整体回避的理由涉及法院整体利益冲突（如法院与案件有利害关系、存在重大偏见等），且管辖异议已被驳回，此时需通过以下程序处理：

   • 回避申请的审查主体：根据《民事诉讼法》第47条，法院整体回避的申请需由上级法院审查。当事人应向受理案件的法院提交书面申请，由该院层报上级法院决定。
     
   • 与管辖异议的冲突解决：若上级法院认定回避申请成立，原法院需将案件移送至其他无利害关系的法院审理，此时管辖权因回避而重新确定；若回避申请被驳回，原法院继续审理，管辖权不受影响。
     关键点：法院整体回避不直接改变管辖权，而是通过上级法院的审查决定是否需要移送案件，与管辖异议的审查是两个独立程序，但可能因结果重叠产生实际效果。

3. 实务中的平衡与当事人权利保障

   • 程序效率与公正的平衡：法院需避免当事人以回避申请拖延诉讼，因此会优先审查管辖异议，确保案件进入实质审理阶段。但若回避申请有合理依据（如法院集体违规干预案件），上级法院应加快审查，防止程序空转。
     
   • 当事人救济途径：若当事人对管辖裁定或回避决定不服，可依法上诉（管辖裁定）或申请复议（回避决定），但需注意期限限制（如管辖异议裁定上诉期为10日）。
     建议：当事人提出回避申请时，应明确具体理由（如法院与当事人存在利害关系、违反法定程序等），并附初步证据，以提高申请被支持的概率。

总结：管辖异议与法院整体回避的冲突本质是程序优先性的问题，法律通过“管辖先行审查+回避上级决定”的机制平衡效率与公正。当事人需根据具体情形选择主张顺序，若对处理结果有异议，应及时通过上诉或复议救济。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件中的程序操作。