变造公章的行为本身已涉嫌刑事犯罪，谅解书不能阻止公安机关立案，但可能影响后续量刑。以下从不同角度展开分析：

1. 刑事立案的独立性
   根据《刑法》第二百八十条第二款，变造公司、企业、事业单位、人民团体印章的行为构成“变造印章罪”，属于公诉案件。公安机关立案的依据是行为是否符合犯罪构成要件，而非被害人是否出具谅解书。只要存在变造公章的客观行为（如伪造、雕刻、修改印章实体或电子印章），且行为人主观上具有故意，即满足立案条件。

2. 谅解书的法律效果
   谅解书是被害人或被侵害单位出具的书面文件，表明对犯罪行为人的谅解态度。其法律意义主要体现在：

   • 量刑环节：根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，谅解书可作为从宽处罚的情节，法院可能酌情减轻处罚（如缓刑、缩短刑期）；
     
   • 刑事和解程序：若案件属于民间纠纷引发的轻罪（如变造印章用于个人事务且未造成严重后果），双方达成和解并出具谅解书，公安机关可依法从宽处理，但“从宽”不等于“不立案”。

3. 实务中的处理逻辑

   • 立案阶段：公安机关需依法审查行为是否涉嫌犯罪，谅解书不影响立案决定。例如，即使被侵害单位出具谅解书，若变造公章用于诈骗、合同诈骗等犯罪，公安机关仍需立案侦查；
     
   • 侦查阶段：若行为人主动投案、认罪认罚并取得谅解，公安机关可能根据《刑事诉讼法》第八十二条采取取保候审等非羁押措施；
     
   • 审判阶段：法院在量刑时会综合考量谅解书、犯罪情节、社会危害性等因素，但若行为构成严重犯罪（如变造公章导致重大经济损失），谅解书对量刑的影响有限。

建议：若涉及变造公章行为，应立即停止并主动向公安机关说明情况，争取从宽处理。若已取得谅解书，需在刑事诉讼各阶段（侦查、审查起诉、审判）向办案机关提交，以最大化其法律效果。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。