结论：合同是否合法，并不直接取决于是否结清了钱，而是取决于合同本身的内容和签订过程是否符合法律规定。不过，未结清款项可能会引发合同履行方面的纠纷。
详细分析：
合同合法性的判断标准：
- 合同合法性主要依据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定来判断。一个合同要合法，必须满足以下几个基本条件：
- 双方当事人具有相应的民事行为能力；
- 意思表示真实；
- 不违反法律、行政法规的强制性规定；
- 不违背公序良俗。
- 在您的情况下，如果承包鱼塘的合同是双方自愿签订，内容不违反法律法规，且双方都具有签订合同的民事行为能力，那么这份合同在法律上是合法的。
未结清款项对合同的影响：
- 未结清款项并不直接影响合同的合法性，但可能引发合同履行方面的纠纷。根据合同约定，如果一方未按时支付款项，可能构成违约，需要承担违约责任。
- 如果合同中明确规定了付款期限和方式，而一方未按约定履行，另一方有权要求其履行付款义务，并可能要求支付违约金或赔偿损失。
建议措施：
- 沟通协商：首先，建议双方进行沟通协商，明确未结清款项的原因和解决方案。如果是因为一方经济困难，可以协商分期付款或延期付款。
- 发送催款通知：如果协商无果，可以向欠款方发送正式的催款通知，要求其在一定期限内支付款项，并保留好相关证据。
- 法律途径：如果欠款方仍不履行付款义务，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
可能面临的法律后果：
- 如果欠款方被认定为违约方，可能需要承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。
- 在极端情况下，如果欠款方拒不履行法院判决或仲裁裁决，还可能面临强制执行等法律后果。
总结与建议：
合同是否合法主要取决于其内容和签订过程是否符合法律规定，而未结清款项则可能引发合同履行方面的纠纷。建议您首先与欠款方进行沟通协商，尝试解决纠纷；如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。如果您在处理此类纠纷时遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。