针对您提出的“公司股东申请变更法人如何起诉”的问题，这确实是一个涉及公司内部治理和法律程序的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、一般原则：变更法人通常不直接通过诉讼解决
首先，需要明确的是，公司法人的变更通常属于公司内部事务，应首先遵循公司章程和相关法律法规的规定进行决策和申请。在大多数情况下，股东会或董事会等公司内部决策机构会根据章程规定，通过决议来决定是否变更法人，并办理相应的变更登记手续。因此，一般情况下，股东不能直接通过诉讼来要求变更法人。
二、可以起诉变更法人的特定情形
然而，在特定情形下，股东确实可以依法提起诉讼来要求变更法人。这些情形主要包括：
法定代表人存在严重违法或损害公司利益行为：
- 如果法定代表人利用职务之便侵占公司财产、挪用公司资金，或者进行其他严重违法行为，给公司造成重大损失，且公司内部决策机构拒绝或无法做出变更法定代表人的决议时，股东为了公司利益，可以以自己的名义提起诉讼，要求变更法定代表人。
公司章程规定的变更法人情形出现，但相关方拒绝执行：
- 公司章程中通常会明确规定法定代表人变更的条件和程序。如果这些情形出现（如任期届满、特定事件发生等），而现任法定代表人拒不配合办理变更手续，公司或符合条件的股东有权通过诉讼，请求法院判决变更法人。
公司控制权发生变更：
- 在公司股权结构发生重大变化，新的控股股东依法有权决定公司法定代表人变更的情况下，如果原法定代表人拒绝交出相关证照、印章等办理变更登记所需材料，导致无法完成变更，新的控股股东可以通过诉讼方式要求强制变更法人。
三、起诉变更法人的法律程序
如果您作为股东，在符合上述特定情形下决定提起诉讼要求变更法人，应遵循以下法律程序：
收集证据：
- 收集能够证明法定代表人存在违法行为、损害公司利益行为，或者公司章程规定的变更情形已经出现的证据。这些证据可能包括财务报表、审计报告、往来函件、会议记录等。
咨询专业律师：
- 在提起诉讼前，建议咨询专业律师或法律顾问，以获取针对性的解决方案和法律意见。律师可以帮助您评估案件的胜诉可能性，指导您如何收集证据，以及如何撰写起诉状等。
提起诉讼：
- 向有管辖权的人民法院提起诉讼，提交起诉状和相关证据材料。起诉状应明确说明您的诉讼请求、事实和理由，以及您所依据的法律法规和公司章程条款。
参与庭审：
- 在庭审过程中，积极配合法院的调查和辩论工作，提供必要的证据和陈述。如果法院认为需要，您可能还需要出庭作证或接受对方的质询。
执行判决：
- 如果法院判决支持您的诉讼请求，要求变更法人，您应督促公司及时办理变更登记手续。如果公司拒不执行判决，您可以向法院申请强制执行。
四、建议与注意事项
遵循公司章程和法律程序：
- 在处理法人变更问题时，首先应查阅公司章程和相关法律法规，了解具体的变更程序和要求，并按照规定的程序进行操作。
非诉讼方式解决争议：
- 如果存在争议或纠纷，建议首先尝试通过协商、调解等非诉讼方式解决。这可以节省时间和成本，并避免对公司造成不必要的负面影响。
保持冷静和理性：
- 在处理此类问题时，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化的决策和行为，以免加剧矛盾或引发新的法律问题。
综上所述，虽然要求变更法人一般不直接通过诉讼解决，但在特定情形下，股东可以依法提起诉讼以维护公司利益和自身权益。在处理此类问题时，请务必遵循公司章程和相关法律法规的规定，并寻求合适的解决方案。