关于保证合同纠纷是否要按照主债务所在地进行管辖的问题，这并非一个绝对的规则，而是需要根据具体情况和相关法律规定来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们要明确的是，保证合同纠纷作为合同纠纷的一种，其管辖原则主要遵循《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定。根据该法第二十四条，因合同纠纷提起的诉讼，通常由被告住所地或者合同履行地的人民法院管辖。这是处理合同纠纷案件的一般原则，保证合同纠纷也不例外。
然而，在保证合同纠纷中，还涉及到主合同与从合同的关系。保证合同是为主债权债务合同的实现而订立的从合同，其存在和效力依附于主合同。当主合同发生纠纷，且涉及担保责任时，可能引发保证合同纠纷。在这种情况下，如果主合同与保证合同选择管辖的法院不一致，根据相关法律规定及司法实践，应当根据主合同来确定案件的管辖。这是因为从合同（保证合同）的管辖应当受主合同管辖的约束，以确保法律关系的稳定性和可预测性。
但值得注意的是，如果保证合同中双方当事人有明确的协议管辖条款，且该条款不违反法律对级别管辖和专属管辖的规定，那么应当按照协议管辖的约定来确定管辖法院。这是《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条所赋予合同当事人的权利。
另外，如果保证合同纠纷中未明确约定管辖法院，且不存在主合同与从合同管辖不一致的情况，那么通常就遵循一般合同纠纷的管辖原则，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。这里的合同履行地，在保证合同中可能指的是保证人履行保证责任的地方，或者根据主合同的履行地来确定，具体需要根据合同内容和实际情况来判断。
在实际操作中，处理保证合同纠纷时，我们还需要注意以下几点：
审查合同条款：在提起诉讼前，应仔细审查保证合同中的管辖条款，确保符合双方当事人的真实意思表示且不违反法律规定。
确定管辖法院：根据合同约定及法律规定，准确确定管辖法院，避免因管辖问题导致诉讼延误或增加不必要的诉讼成本。
遵守法定程序：在提起诉讼时，应严格遵守法定程序，包括提交起诉状、缴纳诉讼费用等，以确保诉讼的顺利进行。
综上所述，保证合同纠纷的管辖并非绝对按照主债务所在地进行，而是需要根据主合同与从合同的关系、协议管辖条款以及一般合同纠纷的管辖原则来综合判断。