结论：劳务派遣机构收取存档费是否合理，需分情况讨论，关键在于是否符合法律规定及合同约定。

1. 若存档费属于劳务派遣服务费的一部分，且已明确告知劳动者并写入合同，则可能合理
   根据《劳动合同法》第六十条，劳务派遣单位应当将劳务派遣协议的内容告知被派遣劳动者，且不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。若存档费是劳务派遣机构为劳动者提供档案管理、社保代缴等服务的合理成本，且已通过合同明确约定（如服务费中包含存档费），则可能被认定为合理。但需注意：

   • 费用标准需合理，不得明显高于实际成本；
     
   • 不得以存档费名义变相克扣劳动者工资。

2. 若存档费属于额外收费且未明确约定，则可能不合理
   若劳务派遣机构在未与劳动者协商一致的情况下，单方面收取存档费，或以存档费名义收取其他费用（如“管理费”“服务费”等），则可能违反以下规定：

   • 《劳动合同法》第九条：用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物；
     
   • 《就业服务与就业管理规定》第十四条：用人单位招用人员不得收取报名费、登记费和培训费等费用。
     此时，劳动者有权拒绝支付，并可向劳动监察部门投诉。

3. 特殊情况：档案保管的法定责任与费用承担
   根据《档案法》及《企业职工档案管理工作规定》，档案保管是用人单位的法定义务，但劳务派遣中档案保管责任可能涉及三方（派遣单位、用工单位、劳动者）。若：

   • 派遣单位将档案委托第三方保管，且费用已包含在服务费中，则不应向劳动者额外收费；
     
   • 若因劳动者原因导致档案保管成本增加（如频繁调档），可能需协商分担费用，但需以合同为依据。

建议：

• 劳动者应要求劳务派遣机构出具收费依据及合同条款，确认费用性质；
  
• 若认为收费不合理，可向当地劳动监察大队举报或申请劳动仲裁；
  
• 签订劳务派遣合同时，务必明确服务费、存档费等费用的承担方及标准。
  

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