结论前置：在建设工程合同中，增值税的承担主体首先遵循法律法规的规定，即由提供建筑服务的一方（施工企业）作为法定纳税义务人。然而，实际增值税的承担方式可通过合同条款由双方协商确定，但此约定不能改变法定的纳税义务主体。

详细分析：

1. 法律法规规定：

   • 根据我国税收相关法律法规，建筑工程涉及的增值税，其纳税义务人为从事建筑服务的一方，即提供建筑工程劳务的施工企业。这些企业在提供应税建筑服务后，负有法定的申报和缴纳税款的责任。例如，增值税暂行条例明确规定，销售货物或提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人为增值税的纳税人，建筑服务属于增值税应税劳务范畴，因此施工企业符合纳税人的定义。一般纳税人提供建筑服务，税率为9%；小规模纳税人及适用简易计税方法的一般纳税人，征收率为3%（自2023年1月1日至2023年12月31日，小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收率征收）。

2. 合同约定与实际操作：

   • 尽管法律明确了纳税义务人，但在建筑工程实践中，增值税的具体承担方式可由合同双方通过协商在合同中明确约定。例如，建设单位（甲方）和施工单位（乙方）在签订建筑工程承包合同时，可以约定增值税由某一方全部或部分承担。这种约定在合同履行过程中具有约束力，但不改变法定的纳税义务主体。
   • 在实际操作中，增值税通常是根据工程结算款来计算的，并计入工程造价中。发包人在支付工程款时，一般会按照含税工程造价进行支付，除非合同另有特别约定。因此，从工程造价的角度来看，增值税一般由承包人承担，并在工程价款结算时考虑进去。但具体承担方式可能因合同条款、当地税收政策等因素而有所不同。

3. 税务追缴与追偿：

   • 需要强调的是，即便合同中对增值税承担有明确的约定，这种约定也不能对抗法律规定的纳税义务主体。如果纳税义务没有依法履行，税务机关将依法向法定纳税义务人（施工企业）追缴税款。在法定纳税义务人缴纳税款后，其可以根据合同的约定向约定的增值税承担方进行追偿。

4. 建议与注意事项：

   • 在签订建设工程合同时，建议双方明确约定增值税的承担方式和相关责任，以避免后续因增值税问题产生的争议和纠纷。
   • 双方应密切关注税收政策的变化，确保合同条款的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。

举例说明： 假设某建设工程合同中约定，由建设单位（甲方）承担全部增值税。然而，在合同履行过程中，施工企业（乙方）作为法定纳税义务人，仍需按照法律规定申报和缴纳增值税。如果乙方未依法履行纳税义务，税务机关将向乙方追缴税款。乙方在缴纳税款后，可以根据合同约定向甲方追偿其已承担的增值税部分。

综上所述，建设工程合同中增值税的承担问题涉及多个方面，包括法律法规的规定、合同条款的约定以及实际操作中的惯例。为确保增值税承担的合理性和合法性，建议在签订合同时充分考虑并明确约定相关条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。