关于您提出的“公司发的年终福利扣工资是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心结论
企业未经员工同意擅自扣除部分工资作为年终奖发放是不合法的。年终奖作为工资总额的一部分，其发放应遵循法律法规、劳动合同约定以及行业惯例，不得随意扣除员工工资。
二、详细分析
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有合法理由（如税费扣除、社会保险费缴纳等），否则企业不得随意扣除员工的工资。
年终奖的性质与发放条件：
- 年终奖是工资总额的一部分，其发放具有一定的灵活性，但这种灵活性并非无限制。年终奖的发放应基于双方的约定或规定来行使，如劳动合同、员工手册或其他相关文件中明确约定了年终奖的发放条件和金额。
合法与不合法的情形：
- 合法情形：如果企业与员工在劳动合同等文件中明确约定了工资构成包含基本工资和绩效工资等部分，并约定了可以将部分工资（通常是绩效工资部分）根据绩效考核结果在年终时作为年终奖发放，且该约定经过民主程序制定并向员工公示或告知，同时扣除后的工资仍不低于法定标准，那么这种扣除是合法的。
- 不合法情形：企业与员工没有事先约定或约定不明确，擅自扣除部分工资作为年终奖发放；即使有事先约定，但扣除后的工资低于当地最低工资标准或劳动合同约定工资的法定比例；企业以行业惯例或特殊经营需要为由，但未与员工明确约定，擅自扣除工资作为年终奖。
公司扣年终奖金的合法性判断：
- 除了上述工资扣除的合法性判断外，公司扣年终奖金的合法性还取决于劳动合同、公司规章制度、地方法规以及法律法规的强制性规定。如果公司扣发年终奖的行为符合相关规定且理由合理（如员工未完成年度工作任务或存在严重违纪行为），则为合法；反之，则可能构成违法。
三、维权建议
了解相关法律法规及政策：
- 劳动者在面临公司扣发年终奖或工资的情况时，应首先了解相关法律法规、地方法规及公司规章制度，明确自己的权益和公司的义务。
与公司沟通协商：
- 在了解相关法律法规的基础上，劳动者可以尝试与公司进行沟通协商，要求公司说明扣发理由并提供相应依据。双方可以通过协商寻求合理的解决方案。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。在申请仲裁或提起诉讼前，劳动者应准备好相关证据材料，如劳动合同、工资条、公司规章制度等，以支持自己的主张。
四、总结与建议
企业扣除部分工资作为年终奖发放的行为必须基于双方的明确约定，并符合法律法规的要求。任何未经员工同意的擅自扣除行为都是不合法的，且可能面临法律制裁。因此，建议企业在制定年终奖政策时，应确保与员工进行充分沟通并达成明确约定，以避免潜在的法律风险。同时，劳动者也应了解自己的权益，如遇到非法扣除工资或年终奖的情况，应及时采取法律措施维护自己的合法权益。