当员工休病假超过医疗期时，这是一个涉及员工权益和用人单位管理的重要问题，需要谨慎且合法地处理。以下是我为您提供的详细解答：

一、核实医疗期情况

首先，用人单位需要准确核实员工的医疗期时长。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期的长度与员工实际参加工作年限和在本单位的工作年限相关，通常从三个月到二十四个月不等。用人单位应查看相关规定，并核实员工的实际工作年限和本单位工作年限，以确定其应享有的医疗期时长。同时，仔细审核员工提交的病假证明等相关材料的真实性、完整性和关联性，确保就诊医院的资质、病假证明的开具时间和内容均符合规定。

二、与员工沟通协商

在确定员工病假已超过医疗期后，用人单位应及时与员工进行沟通，了解其身体恢复情况、是否有继续治疗的计划以及能否返回工作岗位。双方可以尝试通过协商达成一致，考虑以下解决方案：

1. 调整工作岗位：根据员工的身体状况，调整至适合其当前健康状态的工作岗位，确保新岗位有合适空缺且员工能胜任。
2. 延长医疗期：如果医生建议并员工申请，用人单位可考虑适当延长医疗期，但需符合相关法律法规。
3. 申请事假或其他合法假期：若员工仍需时间治疗，可协商让其申请事假或其他合法假期，期间公司一般无需支付工资，但应保留员工职位。

三、依法处理劳动合同

如果双方协商无果，且员工无法继续履行劳动合同，用人单位应按照法定程序处理劳动合同事宜：

1. 书面通知解除劳动合同：用人单位应以书面形式通知员工解除劳动合同，明确说明解除原因（如医疗期满不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作）、具体日期，并告知员工享有的相关权益。
2. 支付经济补偿金：根据《劳动合同法》的规定，用人单位需向员工支付经济补偿金。经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
3. 办理离职手续：协助员工办理离职手续，包括工作交接、工资结算、社保减员、出具离职证明等，确保手续办理的合法性和规范性。

四、医疗期内的待遇保护

在医疗期内，员工享有特定的待遇保护，用人单位应确保这些权益得到充分保障：

1. 病假工资或疾病救济费：企业应按标准支付病假工资或疾病救济费，该费用可低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。如劳动合同中有更高约定，则按约定执行。
2. 社会保险及福利待遇：用人单位需按规定为员工缴纳社会保险，确保员工在医疗期间享受医保报销等社保待遇。同时，员工在医疗期内仍享受企业规定的其他福利待遇（不含与出勤直接挂钩的奖金），具体依据企业规章制度确定。
3. 劳动合同的特殊保护：医疗期内的员工受法律保护，用人单位不得以不能胜任工作、经济性裁员等理由解除劳动合同。但若员工严重违反规章制度，达到解除条件，用人单位仍可解除合同，无需支付经济补偿。

五、寻求专业法律支持

在处理员工病假超过医疗期的问题时，用人单位应严格遵守相关法律法规，避免违法解除劳动合同带来的法律风险。建议用人单位在处理此类问题时咨询专业律师的意见，以确保操作的合法合规性，并注重程序的合法性和证据的充分性。

综上所述，处理员工病假超过医疗期的情况需要用人单位谨慎而细致地进行。务必充分了解相关法律法规和政策要求，与员工进行积极沟通协商，并在必要时寻求专业法律支持，以确保处理的合法性和合理性，同时兼顾人性化关怀，避免引发不必要的劳动纠纷。