综合工时工作制是一种针对特殊工作性质或受季节、自然条件限制的职工，采用以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的一种灵活工时制度。以下是对综合工时工作制的详细法律规定和解释：
一、法律依据与适用范围
法律依据：
- 主要依据《中华人民共和国劳动法》及原劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等相关规定。
适用范围：
- 适用于因工作性质特殊需连续作业或受季节、自然条件限制的企业的部分职工，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
二、工作时间计算与加班规定
工作时间计算：
- 综合计算周期内的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，即每日不超过8小时，每周不超过40小时（尽管《劳动法》第三十六条规定平均每周工作时间不超过44小时，但实务中通常适用每周不超过40小时的标准）。
- 企业可根据自身生产特点选择以周、月、季、年为周期综合计算工作时间。例如，以月为周期，每月法定标准工作时间为166.64小时；以年为周期，全年则为2000小时左右。
加班规定：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过该周期法定标准工作时间总数，则超过部分应认定为加班。
- 加班待遇方面，延长工作时间的，用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资；在休息日工作的，若不能安排补休，则按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付加班工资；在法定节假日工作的，无论是否超过法定标准工作时间，企业都应支付不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%的加班工资。
三、审批程序与员工权益保障
审批程序：
- 企业实行综合计算工时工作制，需向当地劳动保障行政部门提出申请，并提交相关材料，如营业执照副本复印件、实行综合计算工时工作制的岗位及人员范围、工作时间安排及休息休假办法等。
- 劳动行政部门审核申请材料，进行实地调查后作出决定。经批准后，企业方可实行综合计算工时工作制。
员工权益保障：
- 企业应确保实行综合计算工时工作制的职工有适当的休息时间，不得剥夺其正常休息权利。
- 企业必须按时足额支付员工工资和加班工资，员工有权了解自己的工资构成和加班工资计算方法，并对企业的工资支付情况进行监督。
- 对于女职工和未成年工，企业还需遵守相关的特殊劳动保护规定。
四、特殊保护与注意事项
- 合理确定劳动定额：企业应合理确定劳动者的劳动定额或其他考核标准，以便安排劳动者休息，并确保延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
- 健康保障：延长工作时间应在保障劳动者身体健康的条件下进行，避免过度劳累。
- 监督与管理：劳动行政部门对实行综合工时制的企业进行监督和管理，确保其合法合规地执行综合工时制，保障职工的合法权益。若企业违反相关规定，将可能面临法律制裁和行政处罚。
举例说明：
假设某企业因生产需要，经劳动行政部门批准后实行以月为周期的综合计算工时工作制。该企业某职工在一个月内实际工作了180小时，而该月的法定标准工作时间为166.64小时。那么，该职工超出的13.36小时应视为加班时间，企业应按不低于该职工本人小时工资标准的150%支付加班工资。
总结与建议：
综合工时制是一种灵活的工时制度，旨在适应不同行业和工作性质的需求。然而，企业在实施时必须严格遵守劳动法的相关规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果您对综合工时制有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。