结论：公司选择在公司注册地起诉，您可以从管辖权异议、积极应诉这两个主要方向来应对，下面为您详细阐述。

管辖权异议角度

1. 法律依据：根据《劳动争议调解仲裁法》规定，劳动争议案件由用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院管辖。劳动合同履行地优先，也就是说如果劳动地是劳动合同履行地，那么劳动地法院是有管辖权的。当公司在其注册地起诉时，若该注册地并非劳动合同履行地，您可以在收到起诉状副本后的法定期限内（一般是15日），向受理案件的公司注册地法院提出管辖权异议。
2. 操作方式：您需要撰写管辖权异议申请书，明确指出劳动合同履行地才是有管辖权的法院，并附上相关证据，如劳动合同中约定的工作地点证明、实际工作地点的考勤记录、工作文件等能证明劳动合同履行地的材料。法院会审查您的申请，如果认为异议成立，会将案件移送至有管辖权的法院，即劳动地法院。

积极应诉角度

1. 准备应诉材料：即便您提出了管辖权异议，在法院作出最终裁定前，您也需要为可能的应诉做好准备。收集与劳动争议相关的所有证据，例如劳动合同、工资支付记录、加班证据、解除或终止劳动合同的证明等。这些证据将有助于您在诉讼中证明自己的主张，维护自己的合法权益。
2. 了解公司注册地法院的诉讼程序和风格：不同地区的法院在诉讼程序和审判风格上可能会存在一些差异。您可以通过咨询当地律师、查阅相关案例或者向当地法院咨询等方式，了解公司注册地法院在处理类似劳动争议案件时的特点和要求，以便更好地应对诉讼。
3. 寻求法律帮助：劳动争议案件涉及的法律问题可能比较复杂，如果您对法律程序和实体问题不太熟悉，可以考虑寻求专业法律帮助。我可以根据您提供的具体案件情况，为您提供详细的法律分析和诉讼策略建议，帮助您在诉讼中争取有利的结果。