员工因怀孕离职，公司扣钱一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律对孕期女职工工资的特殊保护

• 《女职工劳动保护特别规定》第五条明确规定，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这意味着，即便女职工因怀孕而离职，公司也不能以此为由扣除其工资。
• 《中华人民共和国劳动法》第五十条也指出，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定适用于所有劳动者，包括孕期女职工。

公司扣钱的常见不合理情形及分析

• 以紧急辞职为由扣钱：虽然劳动者未提前三十日通知可能构成违约，但根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条，仅当违约造成实际损失时，用人单位方可主张赔偿。而怀孕本身不属于可归责于劳动者的过错事由，且法律未授权用人单位通过扣工资追偿通知期损失。因此，公司不能仅因女职工怀孕紧急辞职就扣除其工资。
• 设定不合理的违约金：根据《中华人民共和国劳动合同法》，除用人单位提供专项培训并约定服务期、保密及竞业限制这两种法定情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。如果公司在不符合上述法定情形下，因女职工怀孕辞职而扣钱作为违约金，是不合法的。

合法扣除工资的特殊情形（虽与本题关联性不大，但为全面解答需提及）

• 员工违反服务期约定：当用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训，同时与劳动者约定了服务期时，若劳动者在服务期未满时辞职，用人单位可以要求劳动者按约定支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。不过，这种情况与女职工因怀孕离职通常无关。
• 员工给公司造成经济损失：如果员工在辞职过程中，因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。然而，怀孕本身并不直接等同于给公司造成经济损失，公司不能以此为由扣除工资。

维权建议

• 协商优先：主动与用人单位沟通，说明紧急情况（如怀孕需要休息等）并提供必要证明（如医疗诊断书），争取通过协商解决问题，要求公司返还被扣款项。
• 证据留存：保存好劳动合同、工资条、辞职申请及沟通记录等书面材料，作为后续维权的依据。
• 投诉举报：若协商未果，可向当地劳动保障监察机构提交书面材料，启动行政调查程序，由劳动监察部门调查并处理公司的违法行为。
• 司法救济：在仲裁时效内（一般为离职后一年）申请劳动仲裁，必要时提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资及相应的赔偿。

如果你遇到了公司因怀孕离职而扣钱的情况，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。