针对员工不能及时开工的情况，作为律师，我建议从以下几个角度处理：
核查劳动合同与规章制度
首先需确认劳动合同中是否明确约定了开工时间、迟到/缺勤的处理方式，以及公司规章制度中是否有相关条款（如考勤制度、奖惩制度）。若合同或制度中有明确规定，可依据规定处理；若无规定，需谨慎操作以避免违法风险。
区分原因，分类处理
- 因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）无法开工：
根据《劳动合同法》及相关规定，员工因不可抗力无法履行劳动合同的，不视为违约。此时应要求员工提供证明材料（如医疗证明、灾害证明等），并协商调整工作时间或安排补班，避免直接扣薪或解雇。
- 因个人原因（如故意拖延、拒绝到岗）无法开工：
若员工无正当理由拒绝到岗，可先通过书面形式（如催告函）要求其限期返岗，并明确逾期不归的后果（如扣薪、解除劳动合同）。若员工仍不返岗，可依据《劳动合同法》第三十九条第二款“严重违反用人单位规章制度”解除劳动合同，但需确保规章制度已通过民主程序制定并公示。
- 因公司原因（如未提供劳动条件、拖欠工资等）导致员工拒绝开工：
若员工因公司违法行为（如未及时支付工资、未提供劳动保护等）拒绝到岗，公司需先纠正自身违法行为，再与员工协商返岗事宜。若强行解雇，可能构成违法解除，需支付赔偿金。
程序合规，避免风险
无论采取何种措施，均需确保程序合法：
- 解除劳动合同前，需通知工会（如有）并听取意见；
- 扣薪需符合当地最低工资标准及规章制度规定；
- 所有处理决定需以书面形式送达员工，并保留证据。
协商优先，减少冲突
建议优先与员工沟通，了解其无法开工的具体原因，并协商解决方案（如调休、远程办公、暂时停工等）。协商不仅能减少劳动争议，还能维护劳动关系和谐。
总结：处理员工不能及时开工的问题，需结合原因、合同、制度及程序综合判断，既要维护公司权益，也要避免违法风险。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。