若公司未经合法程序将考勤改为无薪，属于违法行为，员工有权要求公司补发工资并可能获得经济补偿，具体赔偿方式需根据实际情况判断。以下分情况详细说明：

1. 公司单方面修改考勤制度且未协商一致
   根据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同（包括工资结构、考勤制度等）需双方协商一致并书面确认。若公司未与员工协商，单方面将考勤与无薪挂钩（例如将原本的“迟到扣款”改为“迟到即无当日工资”），属于违法变更劳动合同。
   赔偿方式：员工可要求公司补发被克扣的工资，并可依据《劳动合同法》第三十八条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同，同时主张经济补偿金（按工作年限计算，每满1年支付1个月工资）。

2. 公司以“旷工”为由扣发工资，但证据不足
   若公司主张员工“旷工”并扣发工资，需承担举证责任（如考勤记录、员工签字确认的缺勤证明等）。若公司无法提供充分证据，或考勤记录被篡改（例如将“迟到”记录为“旷工”），则属于违法克扣工资。
   赔偿方式：员工可要求公司补发工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张加付50%-100%的赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。

3. 公司通过合法程序修改考勤制度，但制度内容违法
   即使公司通过民主程序（如职工代表大会）修改考勤制度，若制度内容违反法律强制性规定（例如规定“迟到超过3次即无当月绩效工资”），仍属无效。
   赔偿方式：员工可要求公司按原工资标准补发，并可主张公司承担因制度违法导致的损失（如误工费、交通费等）。

行动建议：

1. 收集证据：保留劳动合同、工资条、考勤记录、公司修改制度的通知等材料；
   
2. 与公司协商：明确要求补发工资并说明法律依据；
   
3. 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁（时效为1年内）。
   

如有进一步疑问（如具体证据收集、仲裁流程等），可直接向我咨询。