不承认违纪事实，在符合一定条件下仍然可以立案。以下从不同角度为你详细分析：

从立案的基本条件来看

立案是司法机关或行政机关对于报案、控告、举报、自首以及自诉人起诉等材料，按照各自的管辖范围进行审查后，认为有犯罪事实发生并需要追究刑事责任时，决定将其作为刑事案件进行侦查或审判的一种诉讼活动（在行政领域，立案是行政机关对涉嫌违反行政管理秩序的行为进行调查处理的起始程序）。其核心在于存在涉嫌违纪（违法）的事实，且该事实需要达到一定的程度，即有证据证明或初步判断存在违纪行为，而不是以当事人是否承认为唯一标准。

例如，在行政领域，如果有人举报某企业存在偷排污水等违反环保法规的行为，环保部门经过初步调查，发现现场有污水排放痕迹、相关监测数据异常等证据，即使该企业不承认存在偷排行为，环保部门也可以依法立案进行深入调查。在刑事领域，如果有证人指认某人实施了盗窃行为，现场有被盗物品的痕迹、监控录像等证据，即便犯罪嫌疑人拒不承认，公安机关也可以立案侦查。

从证据的角度分析

证据是认定违纪事实的关键。即使当事人不承认违纪事实，但如果有其他充分的证据能够证明其存在违纪行为，依然可以立案。证据的种类包括书证、物证、证人证言、视听资料、电子数据、鉴定意见、勘验笔录、检查笔录等。

比如，在涉及贪污受贿的案件中，即使犯罪嫌疑人不承认收受了他人财物，但如果有行贿人的证言、银行转账记录、相关书证等证据相互印证，形成完整的证据链条，证明其存在贪污受贿的行为，那么司法机关就可以立案侦查。

从不同领域的具体规定来看

• 行政领域：以《行政处罚法》为例，行政机关在立案时，主要是看是否有违反行政管理秩序的行为发生，以及是否有初步的证据支持。只要符合立案标准，行政机关就应当立案调查，不会因为当事人不承认而放弃立案。例如，市场监管部门接到消费者举报某商家销售假冒伪劣产品，经初步核实有相关线索，即使商家不承认，市场监管部门也会依法立案查处。
• 刑事领域：根据《刑事诉讼法》的规定，公安机关、人民检察院等司法机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案。这里的“有犯罪事实需要追究刑事责任”并不依赖于犯罪嫌疑人的承认。例如，在故意伤害案件中，有被害人的陈述、现场目击证人的证言、医院的诊断证明等证据，即使犯罪嫌疑人拒不认罪，公安机关也会立案侦查。

后续处理建议

如果面临不承认违纪事实但被立案的情况，建议积极配合相关机关的调查工作。一方面，可以通过合法途径提供对自己有利的证据，证明自己不存在违纪行为；另一方面，也可以寻求专业律师的帮助，律师可以根据具体情况为你提供法律分析和辩护策略，维护你的合法权益。

如果你有具体的违纪情况或相关法律问题，可以直接向我咨询，我会结合实际情况为你提供详细的法律建议。