行政许可案卷被评定为不合格的情形主要包括以下几种：
许可实施主体不合法：
- 如果行政许可的实施主体不具备相应的法定资格，或者超越了其法定权限范围进行许可，那么该行政许可案卷很可能被评定为不合格。例如，非法定机关或组织实施了行政许可，或者法定机关超越了其地域、级别等权限范围进行许可。
许可实施程序违法：
- 行政许可的实施必须遵循法定的程序，包括申请、受理、审查、决定等环节。如果任何一个环节违反了法定程序，如未依法告知申请人相关权利、未依法进行公示或听证、未依法作出决定等，都可能导致行政许可案卷被评定为不合格。
许可实施依据不充分或错误：
- 行政许可的实施必须有明确的法律依据，且该依据必须正确、充分。如果许可实施所依据的法律、法规、规章等规范性文件不存在、已失效或被撤销，或者对法律条文的理解、适用存在错误，都可能导致行政许可案卷被评定为不合格。
许可实施内容违法或不当：
- 行政许可的内容必须合法、合理，且符合公共利益和社会秩序。如果许可实施的内容违反了法律、法规的强制性规定，或者明显不当、显失公平，如对不符合条件的申请人授予了许可，或者对符合条件的申请人拒绝了许可等，都可能导致行政许可案卷被评定为不合格。
案卷材料不完整或存在瑕疵：
- 行政许可案卷应当包含完整的申请材料、审查记录、决定文书等，且这些材料应当真实、准确、完整。如果案卷材料缺失、不完整或存在瑕疵，如缺少必要的申请材料、审查记录不详细、决定文书表述不清等，都可能导致行政许可案卷被评定为不合格。
法律背景与建议：
- 行政许可作为政府管理社会事务的重要手段，其合法性和合规性至关重要。因此，行政机关在实施行政许可时，必须严格遵守法定程序和依据，确保许可实施的合法性和合规性。
- 对于行政许可案卷被评定为不合格的情形，行政机关应当及时进行整改，完善相关程序和依据，确保后续许可实施的合法性和合规性。同时，申请人也有权对不合法的行政许可提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果行政许可案卷被评定为不合格，可能会导致该行政许可被撤销或确认无效，从而给申请人带来不必要的损失和麻烦。因此，行政机关和申请人都应当高度重视行政许可的合法性和合规性，避免类似情况的发生。
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