当案卷评审不合格时，处理的方式主要依赖于具体的评查规则和标准，以及所在地区的具体规定。以下是一般性的处理流程和建议，结合了山东省和广东省的相关规定作为参考：

一、理解不合格原因

首先，需要详细了解案卷评审不合格的具体原因。这通常涉及对评查报告的仔细分析，明确指出案卷在哪些方面存在问题，如事实认定不清、证据不足、法律适用错误、程序违规等。

二、制定整改措施

根据不合格的原因，制定具体的整改措施。这可能包括：

1. 补充证据：如果案卷中证据不足，需要进一步收集、整理和完善相关证据。
2. 修正错误：对于事实认定不清或法律适用错误的情况，需要重新审查案件事实，确保准确无误，并正确应用相关法律法规。
3. 完善程序：如果程序存在违规，需要按照法定程序重新进行相关操作，如补正手续、重新告知等。
4. 加强培训：对于因执法人员业务不熟练或理解偏差导致的问题，需要加强相关培训，提高执法人员的业务水平和法律意识。

三、实施整改并重新提交评查

按照制定的整改措施，逐一进行整改，并在整改完成后重新提交案卷进行评查。在重新提交前，应确保所有问题都已得到妥善解决，案卷质量符合评查标准。

四、接受复评与结果反馈

重新提交的案卷将接受复评。评查主体将根据评查标准对案卷进行再次评估，并给出复评结果。如果复评结果仍然不合格，可能需要继续整改并再次提交评查，直至合格为止。同时，评查主体会向评查对象反馈复评结果，指出存在的问题和改进建议。

五、加强后续监督与管理

对于多次评审不合格的案卷或存在严重问题的执法行为，评查主体可能会采取更进一步的监督措施，如通报批评、责令改正、建议给予行政处分等。因此，执法部门应加强对案卷制作和执法行为的后续监督与管理，确保类似问题不再发生。

六、参考地区性规定

不同地区可能有不同的案卷评查规则和标准，以及相应的处理流程。因此，在处理案卷评审不合格问题时，还应参考所在地区的具体规定。例如，山东省和广东省都有各自的行政执法案卷评查办法和标准，其中详细规定了评查内容、标准、程序以及不合格案卷的处理方式等。

七、持续改进与提升

最后，执法部门应将案卷评审作为提升执法质量和水平的重要手段，持续改进和提升案卷制作和执法行为的质量。通过定期组织培训、交流学习等方式，提高执法人员的业务水平和法律意识，确保执法行为的合法性和规范性。

综上所述，处理案卷评审不合格问题需要仔细分析原因、制定整改措施、实施整改并重新提交评查、接受复评与结果反馈、加强后续监督与管理，并参考地区性规定进行持续改进与提升。