针对法律援助案卷不合格的情况，处理方式主要遵循以下几个步骤：

一、明确不合格标准

首先，需要明确法律援助案卷不合格的具体标准。这通常依据司法部颁布的《民事行政法律援助案件质量同行评估规则》《刑事法律援助案件质量同行评估规则》等相关规定进行判定。不合格案卷可能涉及材料不完整、内容不准确、程序不规范等问题。

二、退回整改

对于评查中发现的不合格案卷，法律援助中心会将其退回给承办人员，并要求其进行整改。承办人员需要按照评查反馈的意见和建议，对案卷中存在的问题进行逐一修正，确保案卷质量符合规定要求。

三、跟踪复核

为确保整改效果，法律援助中心会建立“问题清单”销号机制，对不合格案卷的整改情况进行跟踪复核。复核过程中，会再次对案卷进行全面检查，确认问题是否得到彻底解决，确保案卷质量得到实质性提升。

四、强化监管与考核

为避免类似问题再次发生，法律援助中心会加强对案件质量的监管力度。这包括完善质量监管制度机制，推行不定期案件质量检查，以及将办案质量与办案补贴挂钩等。通过这些措施，可以激励承办人员提高办案质量，确保法律援助服务的规范化和专业化。

五、培训与教育

针对案卷质量存在的问题，法律援助中心还会组织相关培训和教育活动。通过邀请专家授课、分享优秀案例经验等方式，提升承办人员的业务能力和专业素养，从根本上提高案卷质量。

六、数字化管理

探索数字化案卷管理也是提升案卷质量的有效途径。通过引入智能辅助系统，可以优化流程监管，实现案卷的电子化、智能化管理。这不仅可以提高工作效率，还能有效减少人为错误，确保案卷质量的稳定性和可靠性。

综上所述，处理法律援助案卷不合格的情况需要综合运用退回整改、跟踪复核、强化监管与考核、培训与教育以及数字化管理等多种手段。通过这些措施的实施，可以有效提升法律援助案卷的质量，为受援人提供更加优质、高效的法律服务。