单位将社保费用全部从员工工资中扣除是不合法的，这一行为违反了法律规定的社保费用分担原则，并侵害了员工的合法权益。以下是对此问题的详细解答：

一、社保费用分担原则

根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，社会保险是用人单位和劳动者的共同责任，费用由双方按照规定比例分担。具体来说，社保费用包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等，其中单位和个人各自承担一部分费用。这种分担机制确保了社保制度的公平性和可持续性。

二、具体缴纳比例（示例）

• 基本养老保险：单位缴费比例通常为16%（部分地区可能为20%），个人缴费比例为8%。
• 基本医疗保险：单位缴费比例一般为6%-10%，个人缴纳比例为2%。
• 失业保险：单位缴费比例一般为0.5%-1%（部分地区可能为1.5%），个人缴纳比例为0.3%-1%。
• 工伤保险：完全由单位缴纳，个人不承担费用，单位缴纳比例一般为0.5%-1.2%。
• 生育保险：同样由单位缴纳，个人不承担费用，单位缴纳比例通常为0.8%。

三、合法性分析

1. 公司代扣代缴的合法性：公司从员工工资中代扣代缴员工个人应承担的社保费用是合法的，这是公司履行社保缴纳义务的一部分。

2. 全额扣除的违法性：然而，如果公司试图将应由其承担的社保费用也转嫁到员工身上，即从员工工资中全额扣除社保费用，这是违法的。这种行为违反了社保费用的分担原则，损害了员工的经济利益。

四、员工权益保护措施

面对单位违法扣除社保费用的情况，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行友好沟通，明确指出公司的违法行为，并要求纠正。

2. 向劳动监察部门投诉：如果公司不予理会或拒绝纠正，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，寻求政府部门的帮助和支持。

3. 申请劳动仲裁：如果沟通协商和投诉均无果，员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

五、合法操作建议

为了避免此类纠纷的发生，公司应：

1. 明确缴费比例：按照国家规定的比例为员工缴纳社保费用，并明确告知员工个人应承担的部分。

2. 规范代扣代缴流程：在每月发放工资时，从员工工资中代扣代缴个人应承担的社保费用，并及时将社保费用缴纳至社会保险经办机构。

3. 提供缴费明细：按月向员工提供缴纳社会保险费的明细情况，确保员工了解自己的缴费情况和权益。

综上所述，单位缴纳社保全部从员工工资中扣除是违法的。员工应了解自己的社保权益和义务，及时采取措施保护自己的合法权益不受侵害。同时，公司也应遵守相关法律法规，规范社保缴纳行为。