工厂在自有土地违建，核心处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若违建尚未被相关部门查处
   工厂应立即停止施工，并主动向当地规划、城管等部门申报违建情况。根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证的建筑，可能面临限期拆除、没收实物或罚款的处罚。主动申报可争取从轻处理（如罚款替代拆除），但需配合提交土地权属证明、建设时间等材料，说明违建未造成重大危害的客观情况。

2. 若已收到《责令停止违法行为通知书》或《限期拆除决定书》
   需在法定期限内（通常为60日）申请行政复议，或6个月内向法院提起行政诉讼。重点审查：

   • 执法部门是否具有管辖权（如是否越权执法）；
     
   • 违建认定事实是否清晰（如是否误将合法建筑纳入违建范围）；
     
   • 程序是否合法（如是否未履行听证程序即作出处罚）。
     若程序违法，可请求撤销处罚决定；若事实认定错误，可提供建设审批文件等证据反驳。

3. 若违建已进入强制执行阶段
   需立即联系执法部门协商补救措施，例如：

   • 申请分期拆除（如先拆除影响安全的部分，保留生产必需设施）；
     
   • 补办规划许可（部分地区对符合规划的违建可补办手续）；
     
   • 争取以“改建”替代“拆除”（如将违建部分改造为符合规划的用途）。
     同时需注意，强制执行前执法部门应送达《催告书》，若未送达或未给予合理履行期限，可主张程序违法。

风险提示：

• 违建可能面临水电气停供、冻结产权交易等限制措施；
  
• 若违建用于生产，可能因安全隐患被要求停产整顿；
  
• 长期拒不拆除可能被纳入失信被执行人名单，影响企业征信。

建议行动步骤：

1. 梳理违建建设时间、用途、投入成本等关键信息；
   
2. 调取土地出让合同、规划条件等原始文件，确认用地性质；
   
3. 联系我进一步分析违建性质（如是否属于“历史遗留问题”或“技术性违建”），制定针对性应对方案。