结论：公司因您迟到5分钟而扣除200元工资的行为，其合法性取决于多个因素，包括公司规章制度的合法性、合理性以及是否遵循了法律程序。一般情况下，若公司规章制度未经合法程序制定、公示或告知员工，或者扣除的金额不合理，则该行为可能违法。
法律分析
公司规章制度的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，公司有权制定劳动规章制度，但这些制度必须合法、合理且公正。规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得过于苛刻或不合理。
- 规章制度的制定应经过民主程序，即需经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表进行平等协商确定。制定后的规章制度应向劳动者公示或告知，确保其知晓并理解相关规定。
工资扣除的合理性：
- 公司不得随意克扣劳动者工资。克扣工资需有正当理由，且必须遵循法律程序。若因员工迟到等轻微违纪行为而扣除大量工资，可能被视为不合理。
- 如果因您的迟到行为给公司造成了直接经济损失，且公司能提供充分证据证明损失的存在及金额，那么公司可以要求您赔偿损失。但这并不等同于直接扣除工资，而是需要按照法律规定的程序和要求进行。经济损失的赔偿可从您本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过您当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
您的权益保护：
- 您有权了解公司的规章制度，并确认其是否经过合法程序制定、公示并告知员工。
- 若您认为公司的迟到罚款制度不合理或违法，有权与公司沟通要求纠正不合理的做法。
- 若沟通无果，您可以向劳动行政部门投诉或举报，请求其进行调查并作出相应处理。
- 在必要时，您还可以申请劳动仲裁来维护自身的合法权益。
具体建议
核实公司规章制度：
- 首先，核实公司的规章制度中是否有关于迟到罚款的具体规定，以及这些规定是否经过合法程序制定、公示并告知员工。
评估罚款合理性：
- 评估公司因您迟到5分钟而扣除200元工资是否合理。一般来说，这种扣除金额可能被视为过高，尤其是当您的迟到行为并未给公司造成直接经济损失时。
与公司沟通：
- 若您认为罚款不合理，可以与公司进行沟通，要求公司解释罚款的依据和合理性，并尝试协商解决争议。
寻求法律援助：
- 若沟通无果，您可以向当地的劳动行政部门投诉或举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。在此过程中，您可以咨询我，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅供参考。若您面临类似情况，建议直接向我咨询，以便我能根据您的具体情况提供更准确的法律建议。