结论：在亲子鉴定结果为99.4%且被告不认可的情况下，法院的判决会基于多种因素进行综合考量，包括但不限于鉴定程序的合法性、鉴定机构的资质、鉴定样本的来源及保存情况等。若法院认定鉴定结果具有合法性和证明力，即便被告不认可，法院仍可能依据该鉴定结果作出判决；反之，若法院认为鉴定结果存在瑕疵或不足以证明亲子关系，则可能不采纳该鉴定结果，并可能要求重新鉴定或依据其他证据进行判决。
详细分析：
鉴定程序的合法性：
- 法院在审查亲子鉴定结果时，会首先关注鉴定程序是否合法。这包括鉴定是否由具有合法资质的鉴定机构进行，鉴定过程是否遵循了相关法律法规和行业标准，以及鉴定样本的采集、保存和运输是否符合规定等。
- 如果鉴定程序存在违法或不合规的情况，法院可能会认为该鉴定结果不具有证明力，从而不采纳该结果。
鉴定机构的资质：
- 鉴定机构的资质是法院审查鉴定结果的重要方面。只有具备相应资质和经验的鉴定机构出具的鉴定结果，才更有可能被法院采纳。
- 如果鉴定机构不具备合法资质或经验不足，法院可能会对其出具的鉴定结果持怀疑态度，甚至不采纳该结果。
鉴定样本的来源及保存情况：
- 鉴定样本的来源和保存情况也是法院审查的重点。样本必须来自被鉴定人本人，且采集、保存和运输过程中必须保持样本的完整性和不受污染。
- 如果样本来源不明或保存不当，法院可能会认为该样本不具有代表性或已被污染，从而不采纳基于该样本的鉴定结果。
被告的不认可与反驳证据：
- 被告不认可亲子鉴定结果时，可以提出反驳证据或申请重新鉴定。法院会综合考虑被告的反驳证据和鉴定结果的证明力，以作出公正判决。
- 如果被告能够提供充分的反驳证据或证明鉴定结果存在瑕疵，法院可能会不采纳原鉴定结果，并可能要求重新鉴定或依据其他证据进行判决。
法院的综合考量与判决：
- 在综合考量上述因素后，法院会作出是否采纳亲子鉴定结果的决定。如果法院认为鉴定结果具有合法性和证明力，即便被告不认可，法院仍可能依据该鉴定结果作出判决。
- 反之，如果法院认为鉴定结果存在瑕疵或不足以证明亲子关系，则可能不采纳该鉴定结果，并可能要求重新鉴定或依据其他证据（如血缘关系证明、证人证言等）进行判决。
建议：
- 如果您面临亲子鉴定结果被被告不认可的情况，建议及时咨询专业律师，了解您的权利和义务，以及可能的法律后果。
- 您可以协助法院审查鉴定程序的合法性、鉴定机构的资质和鉴定样本的来源及保存情况，以支持您的主张。
- 如果被告提出反驳证据或申请重新鉴定，您也应积极应对，提供充分的证据来支持您的亲子鉴定结果。
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