结论：在亲子鉴定结果为99.5%且被告不认可的情况下，法院的判决会基于多种因素进行综合考量，包括但不限于鉴定程序的合法性、鉴定机构的资质、鉴定样本的来源及保存情况等。若法院认定鉴定结果具有合法性和可靠性，即便被告不认可，法院仍可能依据该鉴定结果作出判决；反之，若法院认为鉴定结果存在瑕疵或不可靠，则可能要求重新鉴定或依据其他证据进行判决。

详细分析：

1. 鉴定程序的合法性：

   • 法院在审查亲子鉴定结果时，首先会关注鉴定程序是否合法。这包括鉴定是否由具有合法资质的鉴定机构进行，鉴定过程是否遵循了相关法律法规和行业标准，以及鉴定样本的采集、保存和运输是否符合规定等。
   • 如果鉴定程序存在违法或不合规的情况，法院可能会认为鉴定结果不可靠，从而不予采信。

2. 鉴定机构的资质：

   • 鉴定机构的资质是法院审查鉴定结果的重要方面。只有具备相应资质和经验的鉴定机构出具的鉴定结果，才更有可能被法院认可。
   • 如果被告对鉴定机构的资质提出质疑，法院会要求鉴定机构提供相关资质证明，并进行审查。

3. 鉴定样本的来源及保存情况：

   • 鉴定样本的来源和保存情况也是影响鉴定结果可靠性的重要因素。如果样本来源不明或保存不当，可能会导致鉴定结果出现偏差。
   • 法院会审查鉴定样本的采集、保存和运输记录，以确保样本的完整性和可靠性。

4. 被告的反驳证据：

   • 如果被告不认可亲子鉴定结果，并提供了反驳证据，法院会综合考虑双方提供的证据，进行权衡和判断。
   • 反驳证据可能包括其他亲子鉴定结果、血缘关系证明、证人证言等。

5. 法院的自由裁量权：

   • 在审查完所有证据后，法院会根据其自由裁量权，结合案件的具体情况，作出是否采信亲子鉴定结果的决定。
   • 如果法院认为鉴定结果具有合法性和可靠性，即便被告不认可，法院仍可能依据该鉴定结果作出判决。反之，如果法院认为鉴定结果存在瑕疵或不可靠，则可能要求重新鉴定或依据其他证据进行判决。

建议：

• 如果您是原告，且持有亲子鉴定结果，但被告不认可，建议您积极收集其他证据来支持您的主张，如出生证明、户口本、证人证言等，以增加法院采信您证据的可能性。
• 如果您是被告，且对亲子鉴定结果有异议，建议您及时提出反驳证据，并申请重新鉴定或要求法院对鉴定结果进行审查。同时，您也可以咨询专业律师，了解您的权利和义务，以及可能的法律后果。

后续行动：

• 在诉讼过程中，保持与法院的沟通，及时了解案件进展和法院的要求。
• 根据法院的指示，配合进行鉴定、提供证据等工作。
• 如有需要，及时咨询专业律师，获取法律建议和帮助。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。