工程师离职时删除程序的行为通常是不合法的，这一结论主要基于以下几点法律分析：

1. 职务成果归属问题：

   • 根据《中华人民共和国著作权法》及相关司法解释，员工在职务期间创作的作品，如果属于执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的，那么该作品的著作权通常归属于单位。程序作为工程师在职务期间创作的成果，很可能属于此类情况，因此其著作权应归单位所有。
   • 工程师离职时删除程序，实际上是在处分单位的财产（即著作权所对应的程序代码），这显然是不合法的。

2. 劳动合同及保密协议约束：

   • 工程师与单位签订的劳动合同中，往往包含有关职务成果归属、保密义务以及离职后行为限制的条款。如果工程师违反了这些条款，单位有权依据合同追究其法律责任。
   • 此外，如果工程师与单位签订了专门的保密协议，协议中可能明确规定了离职后不得删除或泄露单位商业秘密（包括程序代码）的义务。违反保密协议同样可能面临法律责任。

3. 可能涉及的法律责任：

   • 民事责任：单位可以要求工程师赔偿因删除程序而造成的直接经济损失，如重新开发程序的费用、因程序缺失导致的业务中断损失等。
   • 刑事责任：在极端情况下，如果工程师删除的程序对单位的生产经营造成重大影响，且情节严重，可能构成破坏计算机信息系统罪等刑事犯罪，面临刑事处罚。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果工程师能够证明程序是其个人独立创作，且未利用单位的任何资源或条件，那么该程序的著作权可能归属于工程师个人。但即便如此，工程师在离职时删除程序也可能违反劳动合同或保密协议中的相关条款，从而面临法律责任。
   • 另外，如果工程师在离职前已经与单位就程序的归属或处理方式达成了明确协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么应按照协议执行。但这种情况相对较少见，且需要具体分析协议内容。

建议：

• 对于工程师而言，在离职前应仔细审查劳动合同和保密协议中的相关条款，确保自己的行为符合合同约定和法律法规的要求。
• 对于单位而言，应加强对职务成果的管理和保护，明确职务成果的归属和处理方式，并在劳动合同和保密协议中作出明确规定。同时，在工程师离职时，应与其进行充分沟通，确保职务成果得到妥善处理。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。