核心结论：在土地登记在父亲名下但补贴在儿子名下的情况下，出售土地的合同需确保合法性、明确权属、清晰约定补贴处理方式，并遵循法定程序。以下为具体说明：

1. 合同主体与权属确认
   合同中必须明确土地的登记权利人为父亲，并注明“土地使用权/所有权归父亲所有，儿子仅享有与土地相关的补贴权益”。若父亲已丧失民事行为能力（如因疾病），需由其法定代理人（如配偶、其他子女）代为签署合同，并附上授权委托书或监护证明。

2. 补贴处理条款
   需在合同中单独列明补贴的归属及处理方式，例如：

   • 明确补贴账户的变更手续由哪方负责（如儿子需配合将补贴账户变更为买方或父亲名下）；
     
   • 若补贴与土地使用期限挂钩（如耕地地力保护补贴），需约定补贴终止时间及剩余补贴的分配方式；
     
   • 避免模糊表述，如“补贴随土地转移”，需具体到补贴类型、金额计算方式及支付时间节点。

3. 合同效力与风险防范

   • 合法性审查：确保土地转让符合《土地管理法》规定（如农村土地需经集体经济组织同意，城市土地需符合规划用途）；
     
   • 权属瑕疵担保：父亲需承诺土地无抵押、查封、纠纷等权利限制，否则需承担违约责任；
     
   • 公示程序：若为农村土地，需在村集体备案；若为城市土地，需办理过户登记手续，合同中应约定“以过户登记为生效条件”。

4. 合同示例条款（参考）

   第一条 标的物  
   1.1 甲方（父亲）将位于【地址】的土地（土地证号：【】）转让给乙方（买方），土地面积为【】平方米，用途为【】。  
   1.2 甲方确认，该土地项下的【具体补贴名称】补贴账户登记在丙方（儿子）名下，丙方承诺于本合同签订后【】日内配合办理补贴账户变更手续。  
   
   第二条 价款及支付  
   2.1 土地转让总价为【】元，乙方应于【】日前支付至甲方指定账户。  
   2.2 补贴账户变更完成后，丙方应将【】年【】月至【】年【】月的补贴款【】元返还给甲方（或直接抵扣转让价款）。  
   
   第三条 违约责任  
   3.1 若甲方隐瞒土地权属瑕疵，需双倍返还定金；  
   3.2 若丙方拒绝配合补贴账户变更，每逾期一日按补贴总额的【】%支付违约金。  
   

注意事项：

• 实际合同需根据土地性质（如宅基地、承包地、建设用地）调整条款；
  
• 建议父亲、儿子、买方三方共同签署合同，避免后续纠纷；
  
• 合同签署后，务必办理土地过户登记及补贴账户变更手续，否则可能影响合同效力。
  

如有进一步疑问（如具体补贴类型、土地性质认定等），可直接向我咨询。