结论：因行政机关未履行土地现状调查而请求确认行政协议无效，是否适用起诉期限需结合具体情况判断。一般情况下，若该请求被视为行政诉讼范畴，则适用行政诉讼的起诉期限规定；若被视为民事合同纠纷处理，则可能适用民事诉讼时效规定。同时，还需考虑最长保护期限的限制。

详细分析：

1. 行政诉讼起诉期限的适用：

   • 一般起诉期限：根据《中华人民共和国行政诉讼法》及其司法解释，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起行政诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。若因行政机关未履行土地现状调查而请求确认行政协议无效，且该请求被视为行政诉讼范畴，则应遵循此六个月起诉期限。
   • 特殊情形下的起诉期限：若经过复议程序，对复议决定不服的，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的，申请人可以在复议期满之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

2. 民事诉讼时效的适用：

   • 若因行政机关未履行土地现状调查而请求确认行政协议无效，且该请求被视为民事合同纠纷处理（例如，行政协议中包含了民事合同条款或双方约定按民事合同处理），则可能适用《中华人民共和国民法典》关于诉讼时效的规定。即权利人自知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。

3. 最长保护期限的限制：

   • 无论适用行政诉讼起诉期限还是民事诉讼时效，都需注意最长保护期限的限制。因不动产提起诉讼的案件，自行政行为作出之日起超过二十年，人民法院不予受理；其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院同样不予受理。这是起诉期限的例外情况，也称为最长保护期限。

4. 实践应用中的特殊情况：

   • 在实际操作中，若行政机关未按照约定履行行政协议（包括未履行土地现状调查），协议的另一方当事人可以向法院提起行政诉讼或民事诉讼（取决于协议性质和双方约定），要求行政机关承担违约责任，并继续履行协议。此时，应根据具体情况适用上述关于起诉期限或诉讼时效的一般规定或特殊规定。
   • 特别注意，如果行政机关明确表示或者以自己的行为表明不履行行政协议义务（包括未履行土地现状调查），相对人可以在履行期限届满之前，就向人民法院起诉，请求行政机关承担违约责任。这种情况下，起诉期限或诉讼时效的计算可能从行政机关明确表示不履行或行为表明不履行之日起算。

法律建议：

• 在决定是否提起诉讼前，应仔细分析案件性质，准确选择适用的法律规范（行政诉讼或民事诉讼），以确保起诉期限或诉讼时效的准确性和有效性。
• 若对案件性质或适用法律规范存在疑问，建议及时咨询专业律师（即向我咨询），以便获得更具体的法律建议和指导。
• 在提起诉讼时，应确保在起诉期限或诉讼时效内提出，并准备好相关证据材料以支持自己的诉讼请求。