员工在职期间自己注册公司是否违法，需根据具体情况综合判断。一般情况下不违法，但在存在特定限制或禁止情形时可能构成违法。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律允许性角度

1. 一般原则：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，并未明确禁止在职员工注册公司。只要员工满足公司设立的法定条件，如具备完全民事行为能力、有符合规定的公司名称、有必要的公司住所等，就可以依法申请设立自己的公司。

2. 无竞业关系与利益冲突：若员工注册的公司与所在单位业务无关联，不存在竞争关系或利益冲突，且未利用现公司资源，通常不视为违法。例如，一名在IT公司工作的员工，利用业余时间成立了一家餐饮公司，两家公司业务完全不相关，且该员工未将IT公司的任何资源用于餐饮公司，也未违反任何合同约定，这种情况下在职注册公司是合法的。

二、特殊限制与禁止情形

1. 违反竞业限制协议：

   • 若员工与现任职公司签订了竞业限制协议，明确约定不得从事与现公司有竞争关系的业务或设立竞争性企业，则在外注册相关公司属于违法。违反竞业限制协议，现公司有权追究违约责任，要求支付违约金，甚至可能通过法律途径要求员工停止违约行为并赔偿损失。

2. 违反公司规章制度或劳动合同：

   • 有些公司规章制度或劳动合同中明确禁止员工在外注册与公司业务有竞争关系的公司。若员工违反此类规定，公司可依据规章制度进行纪律处分，甚至解除劳动合同。

3. 利用职务之便或公司资源：

   • 员工在注册和经营外部公司过程中，若利用现公司的商业秘密、客户资源、技术资料等，或利用工作时间、办公设备等公司资源，属于违法行为。可能面临民事赔偿责任，情节严重的还可能构成刑事犯罪，如职务侵占罪、侵犯商业秘密罪等。

4. 特殊职业限制：

   • 对于国家公务员、法官、检察官等特殊职业人员，法律明确规定禁止其从事营利性活动。这些职业的员工不能注册自己的公司，否则将面临相应的法律处罚。

三、建议与注意事项

1. 仔细审查合同与规章制度：在决定注册公司前，员工应仔细审查自己的劳动合同、保密协议、竞业限制协议以及公司的规章制度，确保自己的行为不会构成违法。

2. 避免利益冲突：新成立的公司应避免与现任职公司存在直接的业务竞争关系，以维护双方利益。若确实存在利益冲突，应提前与现公司沟通并寻求解决方案。

3. 合理分配时间与精力：员工应确保在职期间能够履行好本职工作，不影响所在单位的正常工作秩序。避免因注册和经营外部公司而耽误本职工作，导致被公司追究责任。

4. 合法合规经营：无论是否在职，注册公司都需遵守相关法律法规，确保合法合规经营。避免因违法违规行为而面临法律处罚和声誉损失。

举例说明：假设小张是一家科技公司的员工，他利用业余时间成立了一家与科技公司业务完全不相关的家政服务公司。由于小张未违反与科技公司的任何合同约定，也未利用科技公司的任何资源，因此他的行为是合法的。但如果小张在科技公司担任高管职务，且与公司签订了竞业限制协议，而他成立的家政服务公司实际上涉及了与科技公司有竞争关系的业务，那么小张的行为就可能构成违法。

综上所述，员工在职期间注册公司需谨慎行事，确保遵守相关法律法规和公司规章制度，避免引发不必要的法律纠纷和不良后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。