执业药师离职时原单位不配合，可通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径解决。具体分析如下：

1. 明确不配合的具体表现及法律后果
   首先需明确原单位“不配合”的具体行为，例如：

   • 拒绝出具离职证明；
     
   • 扣押执业药师资格证书；
     
   • 拖延办理社保转移手续；
     
   • 拒绝支付离职补偿或工资等。
     根据《劳动合同法》第五十条，用人单位应在解除或终止劳动合同时出具离职证明，并在15日内办理档案和社保转移手续。若单位扣押证件或拖延手续，可能面临行政处罚（如劳动行政部门责令改正、罚款）或赔偿劳动者损失的责任。

2. 协商解决
   建议优先与原单位沟通，明确要求其履行法定义务（如出具离职证明、归还证件）。可保留书面沟通记录（如邮件、微信），作为后续维权证据。若单位以“未交接工作”等理由拒绝，需核实劳动合同或单位规章制度中是否明确约定交接程序及后果。若无合法依据，单位无权以此为由阻挠离职。

3. 投诉与举报
   若协商无果，可向以下部门投诉：

   • 劳动监察大队：投诉单位扣押证件、拖欠工资、拒绝出具离职证明等违法行为；
     
   • 市场监管部门：若单位涉及违规使用药师证书（如“挂证”行为），可一并举报；
     
   • 行业协会：通过药师协会协调解决行业内部纠纷。
     投诉时需提交劳动合同、离职申请、沟通记录等证据，相关部门将介入调查并责令单位整改。

4. 申请劳动仲裁
   若单位行为导致经济损失（如因未出具离职证明导致无法入职新单位），可申请劳动仲裁要求赔偿。仲裁请求可包括：

   • 确认劳动关系已解除；
     
   • 责令单位出具离职证明、归还证件；
     
   • 支付拖欠的工资、补偿金；
     
   • 赔偿因单位违法行为造成的损失（如误工费）。
     仲裁裁决具有法律效力，单位拒不履行可申请法院强制执行。

5. 诉讼途径
   若仲裁未解决或单位拒不执行仲裁裁决，可向法院提起诉讼。诉讼程序虽耗时较长，但可通过司法判决强制单位履行义务，并追究其法律责任（如赔偿损失、公开道歉等）。

行动建议：

1. 立即收集证据（劳动合同、离职申请、沟通记录、单位违规行为证明等）；
   
2. 根据单位不配合的具体行为，选择投诉、仲裁或诉讼途径；
   
3. 若涉及证书扣押或“挂证”问题，需同步向市场监管部门举报，避免自身法律风险。
   

如有进一步疑问或需协助处理具体纠纷，可直接向我咨询。