在民事案件进入执行阶段，发现被执行人死亡，但有证据证明有财产被股东占有的情况下，可以采取以下法律措施：

1. 申请变更或追加被执行人：

   • 根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》等相关法律法规，若被执行人死亡，且其财产被股东非法占有或转移，申请执行人可以向法院申请变更或追加相关股东为被执行人。这通常需要提供充分的证据证明股东占有了被执行人的财产，并且该财产应属于被执行人的遗产范围或可用于清偿债务。
   • 具体操作：向执行法院提交书面申请，附上相关证据材料，如财产转移记录、股东占有财产的证明等，请求法院变更或追加股东为被执行人，并对其占有的财产进行执行。

2. 提起股东损害债权人利益责任纠纷之诉：

   • 如果股东的行为构成了对债权人利益的损害，如通过非法手段转移、隐匿被执行人财产，导致债权人无法实现债权，那么债权人可以依据《公司法》及相关司法解释的规定，向法院提起股东损害债权人利益责任纠纷之诉。
   • 具体操作：准备起诉状及相关证据材料，向有管辖权的法院提起诉讼，请求法院判决股东在非法占有财产的范围内承担赔偿责任。

3. 参与被执行人遗产分配程序：

   • 若被执行人死亡后留有遗产，且该遗产被股东占有或控制，债权人可以依法参与被执行人的遗产分配程序。在此过程中，债权人需要向遗产管理人或法院申报债权，并提供相关证据证明债权的存在及金额。
   • 具体操作：关注被执行人遗产的分配情况，及时向遗产管理人或法院申报债权，并按照法定程序参与遗产分配。若股东非法占有遗产，债权人还可以在遗产分配过程中提出异议，并请求法院对股东的行为进行审查和处理。

4. 申请对股东采取强制措施：

   • 在执行过程中，如果发现股东有妨碍执行的行为，如拒绝交出占有的财产、隐匿财产等，法院可以根据《民事诉讼法》及相关司法解释的规定，对股东采取罚款、拘留等强制措施。
   • 具体操作：向执行法院提供股东妨碍执行的证据材料，申请法院对股东采取相应的强制措施。

在处理此类案件时，需要注意以下几点：

• 证据收集：充分收集和整理相关证据材料，如财产转移记录、股东占有财产的证明、被执行人死亡证明等，以支持自己的主张。
• 法律程序：严格遵守法律程序，按照法定要求提交申请、起诉状等法律文书，并积极参与庭审和执行过程。
• 专业咨询：由于此类案件涉及复杂的法律关系和程序问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

若在实际操作中遇到困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。