当在执行过程中发现被执行人持有股票时，这是一个涉及金融和法律领域的复杂情况，但您可以通过以下步骤来维护自身权益：
一、前期准备与信息核实
查询与确认股票信息：
- 首先，您需要请求法院通过证券登记结算机构或证券公司查询被执行人名下的股票账户信息。
- 确认股票的具体数量、种类、市值，以及是否存在质押、冻结等限制情况，这些信息对于后续的执行措施至关重要。
评估股票价值：
- 委托专业的资产评估机构对股票进行价值评估，以确定其市场价值和可执行性。
- 考虑股票的市场波动性和流动性，以合理估算其价值，为后续的执行措施提供依据。
二、申请执行措施
冻结股票：
- 根据相关法律法规，您可以请求法院裁定冻结被执行人的股票账户。
- 冻结期间，被执行人将不得擅自转让或处置被冻结的股票，从而确保您的权益不受进一步损害。
强制卖出与资金扣划：
- 如果被执行人未能在规定期限内履行义务，您可以请求法院委托证券公司或拍卖机构对股票进行强制卖出。
- 卖出方式可能包括集中竞价交易、大宗交易或其他合法方式。股票卖出后，所得款项将直接划入法院指定的执行账户。
- 法院在扣除执行费用后，会将剩余款项支付给您，以清偿债务。
三、特殊情形下的处理
可流通股份与限售流通股：
- 对于无限售流通股，法院可以直接通过二级市场抛售或按比例分配的方式变现。
- 对于限售流通股，需待锁定期满后方可变现。若无法通过二级市场直接处置，法院可采取司法拍卖或在证券交易所开设专门账户进行大宗交易等方式。
非上市公司股权：
- 非上市公司股权可通过协商转让给第三方、公司回购或司法拍卖等途径实现变现。
- 在处理非上市公司股权时，需特别注意股权估值的合理性及转让程序的合法性。
优先受偿权保障：
- 如果被执行人为金融机构，且其自营账户股票设有质押且质权人享有优先受偿权，法院应优先保障质权人权益。
- 质押股票处置需遵循担保物权实现程序，确保质权人优先获得清偿。
四、后续监管与责任追究
信息披露与监管合规：
- 在执行过程中，需严格遵守证券市场信息披露要求，防止内幕交易和市场操纵行为。
- 法院应与证券监管机构保持协同，确保执行活动符合资本市场运行规则。
违法违规行为追责：
- 如果被执行人或相关方存在隐匿转移资产、妨碍执行等行为，法院可依法采取罚款、拘留等强制措施。
- 如果构成犯罪，将依法追究刑事责任，以维护执行秩序和司法权威。
五、建议与注意事项
- 及时申请保全与执行：防止被执行人恶意转移资产导致执行困难。
- 寻求专业机构协助：委托律师、评估师等专业人士参与流程，确保操作合法合规。
- 关注公司运营状况：被执行股权所在公司的经营异常可能影响变现价值，需提前调查评估。
综上所述，当发现被执行人持有股票时，您可以通过查询确认、评估价值、申请冻结、强制卖出与资金扣划等步骤来维护自身权益。同时，也需关注特殊情形下的处理方式和后续监管与责任追究问题。希望这些建议能对您有所帮助。