结论：私人企业老板在钱款已经退还公司的情况下，是否还会继续追查，这取决于多种因素，包括老板的个人意愿、公司的规章制度、钱款退还的具体情况以及是否存在其他违法或违规行为等。以下是对这些因素的详细分析：

1. 老板的个人意愿：

   • 私人企业老板作为公司的所有者或主要决策者，其个人意愿在是否继续追查钱款问题上具有决定性作用。如果老板认为钱款已经退还，且没有造成其他损失或影响，可能会选择不再追查。
   • 然而，如果老板对钱款的退还过程存在疑虑，或者认为退还的钱款并未完全弥补公司的损失，或者存在其他违法或违规行为，老板可能会选择继续追查，以维护公司的利益和声誉。

2. 公司的规章制度：

   • 公司可能有一套完善的财务管理和审计制度，这些制度可能规定了对于钱款退还、挪用等行为的追查和处理流程。
   • 如果公司的规章制度要求对于任何钱款的不当使用或退还都必须进行追查，那么即使老板个人意愿上不想追查，也可能需要按照制度执行。

3. 钱款退还的具体情况：

   • 钱款退还的方式、时间、金额以及退还的原因等都会影响老板是否继续追查的决定。例如，如果钱款是迅速且全额退还的，且没有造成任何损失，老板可能会选择不再追查。
   • 相反，如果钱款退还存在延迟、部分退还或者退还过程中存在其他问题，老板可能会认为有必要继续追查以了解真相。

4. 是否存在其他违法或违规行为：

   • 如果钱款退还只是问题的一部分，且存在其他违法或违规行为（如贪污、挪用公款等），那么老板几乎肯定会选择继续追查，以追究相关责任人的法律责任。
   • 在这种情况下，钱款退还可能只是问题的一个表面现象，老板需要深入调查以了解问题的全貌和根源。

法律建议：

• 对于公司而言，建议建立完善的财务管理和审计制度，明确对于钱款退还、挪用等行为的追查和处理流程，以维护公司的利益和声誉。
• 对于员工而言，如果涉及钱款退还等问题，应积极配合公司的调查和处理工作，如实说明情况，以避免不必要的法律纠纷和损失。
• 如果老板或公司对于钱款退还问题存在疑虑或争议，建议及时咨询专业律师或相关机构，以获取专业的法律意见和帮助。

可能后果：

• 如果老板选择继续追查，并发现存在违法或违规行为，相关责任人可能会面临法律责任和处罚。
• 如果老板选择不再追查，但后续发现存在问题或损失，老板可能需要承担一定的管理责任和损失。因此，在做出决定前，老板应充分考虑各种因素和可能后果。