同一个单位中，同工同酬的有编和无编人员在退休时确实存在区别，主要体现在养老金待遇、职业年金或企业年金、其他福利待遇、工资调整机制以及工作稳定性对退休金的影响等多个方面。以下是对这些区别的详细分析：
养老金待遇差异：
- 缴费基数与比例：在编人员的养老保险缴费基数通常较高，包含基本工资、津贴补贴等，个人缴费比例为8%，单位缴费比例一般为20%（部分地区有调整）。而同工同酬人员若属合同制，缴费基数可能仅包含基本工资，导致个人账户储存额较低。例如，某事业单位在编人员月缴费基数为8000元，合同制人员仅为5000元，退休后个人账户积累差额显著。
- 计算方式区别：在编人员采用“新人新办法”，养老金由基础养老金、个人账户养老金和过渡性养老金（中人）组成。而同工同酬人员多按企业职工公式计算，养老金由全省上年度社平工资、本人平均缴费指数、缴费年限以及个人账户储存额等因素决定。以35年工龄为例，在编人员因视同缴费年限和过渡性养老金的存在，养老金水平普遍高于合同制人员。
职业年金与企业年金差距：
- 在编人员：强制参加职业年金，单位缴费比例为8%，个人4%，退休后按月领取。
- 同工同酬人员：所在单位若建立企业年金则自愿参加，多数单位未设立该制度。以某高校为例，在编人员职业年金账户累计可达30万元，而合同制人员无此补充养老保障。
其他福利待遇差别：
- 住房补贴：在编人员享受住房公积金全额缴存及住房补贴，合同制人员可能仅缴存公积金。
- 医疗保障：在编人员医保报销比例通常达90%以上，合同制人员执行城镇职工医保标准（70%-85%）。
- 丧葬抚恤：在编人员遗属可获40个月基本工资抚恤金，合同制人员按社保规定发放6-12个月社平工资。
工资调整机制影响：
- 在编人员：享受定期调资政策，如每两年晋升一档工资，五年晋升级别工资。
- 同工同酬人员：工资调整依赖合同约定，存在不确定性。长期累积的工资差异直接影响缴费基数和最终养老金水平。
工作稳定性带来的隐性差异：
- 在编人员：服务期满后自动延续，职业年金持续积累至退休。
- 同工同酬人员：面临合同续签风险，可能出现中断缴费情况。例如，某三甲医院合同制护士因合同到期未续签，导致3年养老保险断缴，严重影响退休金计算。
法律背景与建议：
- 法律关系与适用法规：同工同酬人员与单位确认的是劳动关系，其待遇及退休金的计算主要遵循社会保险法律和劳动法规定。而在编人员与单位确认的是人事关系，其待遇依据如《事业单位人事管理条例》等其他相关法规。
- 建议：对于同工同酬人员来说，了解并关注自己的养老保险缴费基数和年限，以及单位是否建立了企业年金制度，是维护自己退休权益的重要方面。同时，也可以积极与单位沟通，争取更好的福利待遇和工资调整机制。
可能产生的法律后果：
- 如果单位在养老保险缴费、工资调整或福利待遇等方面存在违法行为，同工同酬人员有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，同一个单位中同工同酬的有编和无编人员在退休时确实存在区别。这些区别主要体现在养老金待遇、职业年金或企业年金、其他福利待遇、工资调整机制以及工作稳定性对退休金的影响等多个方面。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。