结论：虚开增值税普通发票税额50万以下，若已过5年追诉时效，原则上不再追诉，但存在例外情形需特别注意。以下从追诉时效制度、例外情形、实务建议三个角度展开分析：

一、追诉时效的法定规则（刑法第87条为核心依据）

根据《刑法》第87条，法定最高刑为不满5年有期徒刑的，追诉时效为5年。虚开增值税普通发票的行为，若税额未达50万元（未构成“数额较大”标准），通常适用《刑法》第205条之一第一款，法定刑为“二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金”。此时：

1. 追诉时效起算点：自犯罪之日起计算；若犯罪行为有连续或继续状态的，自行为终了之日起计算。
2. 5年时效届满后果：司法机关原则上不得启动追诉程序，已立案的应撤销案件，已进入审判程序的应终止审理。

二、需警惕的例外情形（可能导致追诉时效中断或延长）

1. 时效中断：若在追诉期内又犯新罪，前罪追诉时效从犯后罪之日起重新计算。例如，行为人在虚开发票后3年内又实施其他犯罪，则前罪的5年时效需重新起算。
2. 时效延长：根据《刑法》第88条，若司法机关已立案侦查或法院已受理案件，行为人逃避侦查或审判的，不受追诉时效限制。实务中，若行为人被网上追逃或通缉，即使超过5年仍可能被追诉。
3. 数额认定变化：若后续司法解释调整“数额较大”标准（如从50万降至30万），需重新评估行为时的数额是否达到追诉标准，但不影响已过时效的认定。

三、实务建议：如何应对潜在风险？

1. 自查行为性质：若涉及虚开发票，需立即停止违法行为，并评估已开具发票的税额、次数、主观故意程度（如是否为善意取得发票）。
2. 主动配合调查：若已被立案或通知配合调查，切勿逃避，可委托律师协助说明情况，争取从宽处理（如不构成犯罪或情节轻微）。
3. 关注时效动态：若犯罪行为已超过5年且无中断/延长情形，可依法主张追诉时效已过，但需提供证据证明无逃避行为（如未被通缉、未隐匿身份）。

提示：追诉时效制度旨在平衡打击犯罪与保障人权，但实务中需结合具体情节判断。若您或他人涉及此类问题，可直接向我提供更多细节（如发票类型、税额、时间线等），我将进一步分析风险并给出应对方案。