虚开增值税专用发票三年后仍然会被追究法律责任。具体分析如下：

一. 虚开增值税专用发票的追诉时效

• 虚开增值税专用发票属于刑事犯罪行为，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，该行为将受到法律的严厉制裁，包括有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。
• 关于追诉时效，刑法中并未对虚开增值税专用发票罪设定特定的追诉期限。一般而言，刑事犯罪的追诉时效根据罪行的严重程度和可能判处的刑罚来确定。
• 对于虚开增值税专用发票罪，由于其可能涉及的刑罚范围广泛（从三年以下有期徒刑到无期徒刑），因此不能简单地以三年为界限来判断是否还会被追究。实际上，只要犯罪行为被发现，且检察机关认为有必要追诉，无论过去多少年，都有可能被提起公诉。

二. 税收管理法的相关规定

• 虽然《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条提到了税务机关对偷税、抗税、骗税等行为的追征不受三年期限的限制，但这主要是针对税款追征而言，并非直接针对刑事犯罪的追诉时效。
• 然而，这一规定也间接说明了对于税收领域的违法行为，法律会保持长期的关注和追查，不会因为时间的流逝而轻易放弃追究。

综上所述，虚开增值税专用发票三年后仍然有可能被追究法律责任。我的观点是，无论过去多久，只要犯罪行为被发现且有确凿证据，检察机关都有可能提起公诉。因此，建议企业和个人务必遵守税收法规，不要心存侥幸，以免触犯法律红线。如有进一步需要，您可以继续咨询我。