结论前置：餐饮行业员工每天工作超过12小时，在一般情况下是不合法的，但在特定条件下可能合法。具体是否违法，需根据企业是否遵守了《中华人民共和国劳动法》中关于工作时间、加班及补偿的相关规定来判断。
一、一般情况下的不合法性
- 法律规定：根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。同时，第三十八条规定用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。
- 分析：若餐饮企业普遍要求员工每日固定工作超过12小时，且未安排合理的休息时间，也未经法定程序延长工时，那么这种安排明显违反了上述法律规定，属于不合法行为。长时间超时工作不仅可能损害员工的身体健康，还可能影响工作效率和生活质量。
二、特殊情况下的合法性
不定时工作制或综合计算工时工作制：
- 法律规定：因生产特点不能实行标准工时制的企业，可申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但需经劳动行政部门审批。
- 分析：餐饮行业因其经营特性，如营业时间长、客流量高峰时段集中等，部分岗位难以执行标准工时制度。若企业依法申请并获得审批，且在一定周期内合理安排工作时间和休息时间，即使偶尔出现单日工作超过12小时的情况，也可能被视为合法。但用人单位必须保障劳动者的休息权利和身体健康，避免长时间连续工作。
加班并支付相应报酬：
- 法律规定：根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，应与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过1小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。同时，第四十四条规定了加班费的支付标准。
- 分析：若餐饮企业因临时业务需求（如大型活动、特殊订单等）与员工协商一致后安排加班至超过12小时，并按照法律规定支付相应的加班报酬，则此情况下的超时工作在法律上是允许的。然而，这种加班安排不应成为常态，以免对员工的身体健康和正常生活造成不利影响。此外，企业还需确保加班时长不超过法律规定的上限，并依法支付加班费。
三、法律后果与劳动者权益保护
- 法律后果：对于持续实施超时工作制且未满足法定条件的餐饮企业，可能面临被劳动行政部门责令限期改正、罚款等行政处罚。员工也有权通过劳动仲裁主张加班费差额、经济补偿金甚至解除劳动合同并要求赔偿。
- 劳动者权益保护：劳动者有权要求用人单位合理安排工作时间，确保休息权利。对于超时工作的情况，劳动者可向用人单位提出异议，要求调整工作时间或支付加班费；也可向劳动行政部门投诉，寻求法律保护。
四、合规建议
为规避法律风险，餐饮企业应建立科学的排班机制：
- 采用轮班制或弹性工作制分散连续作业压力；
- 通过优化人员配置提升效率，减少不必要加班；
- 定期审查工时记录，确保符合法定标准；
- 建立加班审批流程并留存书面证据，以便在发生争议时提供证明。
总结：餐饮行业员工每天工作超过12小时是否合法，需根据具体情况判断。企业应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。劳动者也应了解自己的权益和义务，积极维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。