结论：过了十年起诉行政协议无效，被法院以超过起诉期限直接驳回，不一定属于法律适用错误，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、起诉期限的法律规定

根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。然而，这种诉讼权利并非无期限限制。一般来说，行政诉讼的起诉期限为知道或者应当知道行政行为作出之日起六个月内，但法律另有规定的除外。对于涉及不动产的行政行为，起诉期限可能延长至二十年，但这是最长保护期限，且需满足特定条件。

二、行政协议无效的起诉期限

行政协议作为行政行为的一种特殊形式，其无效的起诉期限同样受到上述法律规定的约束。若行政协议涉及不动产，且当事人自知道或应当知道协议无效之日起二十年内未提起诉讼，则可能因超过最长保护期限而被驳回。若行政协议不涉及不动产，则起诉期限通常为六个月，超过此期限未起诉的，法院将不予受理。

三、法院驳回起诉的合法性分析

1. 若起诉期限确实已过：

   • 如果当事人提起诉讼时，已经超过了法律规定的起诉期限，且无法证明存在法定延长或中止、中断的情形，那么法院以超过起诉期限为由驳回起诉是合法的，不属于法律适用错误。

2. 若起诉期限未过或存在特殊情况：

   • 如果当事人能够证明其起诉并未超过法律规定的期限，或者存在法定延长、中止、中断起诉期限的情形（如因不可抗力或其他正当理由耽误期限），那么法院以超过起诉期限为由驳回起诉则可能构成法律适用错误。
   • 此外，如果行政协议本身存在重大且明显的违法情形，导致协议自始无效，且这种无效性对当事人的合法权益产生了持续影响，那么即使超过了通常的起诉期限，法院也可能基于特殊情况考虑受理案件。

四、建议与后续行动

1. 核实起诉期限：

   • 当事人应首先核实自己提起诉讼时是否确实已经超过了法律规定的起诉期限。这包括了解行政协议的具体内容、签订时间、知道或应当知道协议无效的时间等关键信息。

2. 收集证据：

   • 如果当事人认为起诉期限未过或存在特殊情况，应积极收集相关证据以支持自己的主张。这可能包括行政协议文本、相关通知或决定文件、证人证言等。

3. 寻求法律救济：

   • 如果当事人对法院的驳回裁定不服，可以在法定期限内向上级法院提起上诉或申请再审。在上诉或再审过程中，当事人应充分阐述自己的理由和证据，以争取法院的支持。

4. 咨询专业律师：

   • 由于行政诉讼涉及复杂的法律问题和程序要求，当事人在处理此类案件时最好咨询专业律师的意见。律师可以根据当事人的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。

总结：过了十年起诉行政协议无效被法院驳回是否属于法律适用错误，需根据具体情况判断起诉期限是否已过以及是否存在特殊情况。当事人应核实起诉期限、收集证据、寻求法律救济，并在必要时咨询专业律师的意见。