结论前置：法院以超过起诉期间为由驳回请求确认行政行为无效的起诉，不一定属于适用法律错误，具体需结合起诉期限的法律规定及案件实际情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、起诉期限的法律规定
在行政诉讼中，起诉期限是一个重要的法律概念，它规定了当事人向法院提起诉讼的时间限制。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条的规定：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。”
二、确认行政行为无效的起诉期限特殊性
对于请求确认行政行为无效的案件，起诉期限的适用可能存在一定的特殊性。虽然《行政诉讼法》并未直接规定确认行政行为无效的起诉期限，但根据行政诉讼的基本原理和目的，以及司法实践中的通常做法，可以认为，请求确认行政行为无效的起诉，同样应受到起诉期限的限制。这是因为，如果允许当事人无限制地提起确认行政行为无效的诉讼，将会破坏行政行为的稳定性和权威性，影响行政效率，甚至可能导致法律秩序的混乱。
三、法院驳回起诉的合法性分析
如果起诉确实超过了法定期限：在这种情况下，法院以超过起诉期间为由驳回起诉，是符合法律规定的，不属于适用法律错误。因为起诉期限是法律设定的，当事人必须在法定期限内提起诉讼，否则将丧失诉权。
如果起诉未超过法定期限：如果当事人认为自己的起诉并未超过法定期限，而法院却以超过起诉期间为由驳回起诉，那么这可能构成适用法律错误。在这种情况下，当事人可以通过上诉或申请再审等法律途径来维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的考虑
在某些特殊情况下，如当事人因不可抗力或其他正当理由耽误起诉期限的，可以根据《行政诉讼法》第四十八条的规定，在障碍消除后的十日内申请延长期限，是否准许由人民法院决定。如果法院未考虑这些特殊情况而直接驳回起诉，也可能构成适用法律错误。
五、建议与总结
建议：如果您认为法院以超过起诉期间为由驳回起诉的决定存在错误，您可以先仔细审查自己的起诉是否确实超过了法定期限，并考虑是否存在可以延长期限的特殊情况。如果确认自己的起诉并未超过法定期限或存在可以延长期限的特殊情况，您可以考虑通过上诉或申请再审等法律途径来维护自己的合法权益。
总结：法院以超过起诉期间为由驳回请求确认行政行为无效的起诉，并不一定属于适用法律错误。具体需结合起诉期限的法律规定及案件实际情况来判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。