结论：员工3年累计用店内微信收款私用5000元的行为，有可能构成盗窃罪，但具体是否构成犯罪还需结合其他因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律构成要件角度
主观方面：盗窃罪要求行为人具有非法占有的目的。在此案例中，员工私自使用店内微信收款并将款项据为己有，表明其具有非法占有店内财物的故意。
客观方面：盗窃罪要求行为人实施了秘密窃取财物的行为。员工利用店内微信收款之便，将本应归店所有的款项私自截留，符合秘密窃取的特征。
数额标准：根据《刑法》及相关司法解释，盗窃罪的成立通常要求盗窃数额达到一定标准。虽然5000元在不同地区可能是否达到“数额较大”的标准有所不同（一般而言，多数地区盗窃数额较大标准为2000元至5000元以上），但结合员工长期、多次实施盗窃行为的情况，即使单次数额未达标准，累计数额也可能被认定为达到犯罪标准。此外，如果员工的行为被认定为“多次盗窃”（即二年内盗窃三次以上），则不受数额限制，直接构成盗窃罪。
二、实际案例与司法实践角度
在司法实践中，对于类似员工利用职务之便侵占公司财物的行为，除了可能构成盗窃罪外，还可能构成职务侵占罪。但职务侵占罪通常要求行为人利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，且数额较大。在此案例中，如果员工的行为更侧重于利用收款之便而非职务之便，且数额达到盗窃罪的标准，则更可能被认定为盗窃罪。
三、建议与后续行动
收集证据：作为私人老板，您应尽快收集相关证据，包括微信收款记录、员工承认私自使用款项的书面或录音证据等，以证明员工的盗窃行为。
报警处理：在收集到足够证据后，您可以向当地公安机关报案，由公安机关进行立案侦查。
法律咨询：在处理此类案件时，建议您咨询专业律师（即我，刘顺仙律师，专注于刑事辩护领域），以便更准确地了解法律程序和可能面临的法律风险，以及制定更有效的辩护策略。
内部管理：同时，您也应反思并加强内部管理，防止类似事件再次发生。例如，可以建立更严格的财务制度和监督机制，确保店内财物的安全。